LncRNAs are Involved in the Process of Atherosclerosis at Diverse Levels.

Atherosclerosis is the most common cause of cardiovascular disease globally, associated with a high incidence of clinical events. Accumulating evidence has elucidated that long non-coding RNAs (lncRNAs) as a novel class of transcripts with critical roles in the pathophysiological processes of atherosclerosis. In this review, we summarize the recent progress of lncRNAs in the development of atherosclerosis. We mainly describe the diverse regulatory mechanisms of lncRNAs at the transcriptional and post-transcriptional levels. This study may provide helpful insights about lncRNAs as therapeutic targets or biomarkers for atherosclerosis treatment.

Introdução

As doenças cardiovasculares (DCVs) são consideradas um problema de saúde global, responsável por 17,9 milhões de mortes todos os anos.[1] A aterosclerose (AS), a principal impulsionadora das DCV em todo o mundo, é um processo inflamatório crônico conduzido por lipídios com disfunção endotelial, formação de células espumosas e acúmulo final de placa.[2] Este processo é acompanhado pela proliferação de células, apoptose e liberação de fatores pró-inflamatórios.[3] (Figura 1) Eles podem desencadear a ruptura da placa e a formação de trombose, levando a eventos clínicos agudos, como acidente vascular cerebral e síndrome coronariana aguda.[4]

Figura 1

A patogênese da aterosclerose.

No genoma de mamífero, os RNAs codificantes de proteínas são apenas <3%.[5] Essa fração do gene codificador torna, portanto, difícil explicar o complexo mecanismo regulatório do organismo. Nos últimos anos, estudos têm revelado o importante papel dos RNAs não codificantes de proteínas nos processos fisiopatológicos de várias doenças.[6-7] De acordo com o comprimento, os RNAs não codificantes (ncRNAs) podem ser divididos em RNAs não codificantes longos (lncRNA, >200 nucleotídeos) e RNAs não codificantes pequenos (<200 nucleotídeos, como miRNAs, piRNAs e siRNAs).[8] Em muitas pesquisas, algumas funções regulatórias e efeitos biológicos de pequenos ncRNAs foram demonstrados.[9-11] A função de muitos LncRNAs é desconhecida, mas um número crescente de LncRNAs foi caracterizado.

A biossíntese do lncRNA é semelhante à do mRNA. Os LncRNAs são transcritos pela RNA polimerase II, mas não possuem fases de leitura abertas e estão em uma expressão mais baixa do que os genes codificantes de proteínas.[8] Os LncRNAs estão localizados principalmente no núcleo e no citoplasma.[12] No citoplasma, os LncRNAs podem se ligar aos ribossomos[13] ou originar-se do genoma mitocondrial.[14] Os primeiros relatórios mostram que muitos LncRNAs não podem codificar proteínas porque não possuem fases de leitura aberta (ORFs) ou contêm poucas ORFs. Mas evidências emergentes sugerem que alguns LncRNAs contêm pequenas ORFs que codificam pequenas proteínas ou micropeptídeos, que são considerados reguladores-chave em vários processos biológicos.[8,15,16] Estudos demonstram que os LncRNAs desempenham papéis críticos na função das células endoteliais e do músculo liso vascular (VSMC), na ativação de macrófagos, no metabolismo lipídico e a resposta inflamatória.[17,18] Nesta revisão, discutimos principalmente a regulação dos LncRNAs que estão envolvidos no processo fisiopatológico da aterosclerose em níveis transcricionais e pós-transcricionais.

A patogênese da aterosclerose é acompanhada por disfunção celular, como proliferação, apoptose e migração. O resultado é a formação de células espumosas e o acúmulo de placas.

As classificações e mecanismo regulatório de LncRNAs

De acordo com a correlação entre a localização genômica e genes codificadores de proteínas, os LncRNAs podem ser divididos em (1) LncRNAs intergênicos (LincRNAs) que expressam genes codificadores de proteínas como uma unidade independente. (2) LncRNAs intrônicos que derivam dos íntrons de genes codificadores de proteínas. (3) LncRNAs anti-senso transcritos da direção oposta dos genes que codificam proteínas. (4) LncRNAs senso que se sobrepõem aos exons de genes que codificam proteínas na mesma fita. (5) potenciadores que se originam no potenciador de genes que codificam proteínas. (6) LncRNAs bidirecionais que são transcritos a partir dos promotores bidirecionais divergentes.[19,20] Os critérios de classificação também incluem as várias funções na regulação do gene local: cis- (regulação da expressão de genes proximais) e trans- (regulação da expressão de genes distantes).[21] Além disso, os transcritos de LncRNAs também podem ser categorizados em lineares ou circulares.[22]

O mecanismo de funcionamento dos LncRNAs não foi completamente elucidado, mas pode ser classificado aproximadamente em vários grupos: 1. a regulação da transcrição está incorporada na interferência da transcrição, remodelação da cromatina e promoção da transcrição; 2. níveis pós-transcricionais se manifestam no controle da tradução da regulação do splicing de mRNAs e até mesmo como esponjas para miRNAs; 3. Outros contêm localização de proteínas, replicação de telômeros e interferência de RNA etc. Além disso, seus mecanismos de direcionamento para regular a expressão de genes são resumidos como o seguinte: sinais, iscas, guias e estruturas.[22,23]

Regulação transcricional

Os LncRNAs podem exercer sua regulação transcricional por meio de mecanismos de ação cis e ação trans. (Tabela 1). Os LncRNAs regulam a expressão de genes vizinhos em cis via interferência transcricional ou remodelação da cromatina.[24] Os LncRNAs de ação trans podem interagir com RNA polimerases e fatores de alongamento da transcrição ou servir como um arcabouço para complexos de modificação da cromatina para regular os genes distantes.[24,25]

Tabela 1

O papel dos lncRNAs no processo patológico da aterosclerose

	LncRNAs	Mecanismo	Efeito		Referências
Função celular			Proliferação	Apoptose
Células Endoteliais (ECs)	MALAT1	MALAT1-Pc2 (CBX4)-E2F1	+		38
	GAS5	GAS5 - ceRNA (miR-21)	−	+	75
	HOTTIP	TNF-α/PDGFBB-HOTTIP-β-catenina	+		47
	MALAT1	ceRNA (miR-22-3p)		−	60
	TUG1	ceRNA (miR-26a)		+	71
Macrófagos, Células musculares lisas	ANRIL	Ligam com CBX7 e SUZ12	+	−	32
	NEAT1	NEAT1-WDR5-SM-genes específicos	+		44
	LincRNA-p21	LincRNA-p21-MDM2/ p300-p53	+	−	45
	HAS2	remodela estructura da cromatina	+		49,50
	RP11-714G18.1	regula positivamente a expressão de LRP2BP		−	53
	H19	ceRNA (miR-148b)	+	−	66
	MIAT	ceRNA (miR-181b)	+	−	69

representa prompt ou aumento, e

representa prevenir ou diminuir.

O estudo Wellcome Trust Case Control Consortium (WTCCC) e os estudos de associação do genoma completo descobriram que uma região no cromossomo 9p21 (Chr9p21) estava fortemente associada à doença arterial coronariana.[26] A região é adjacente a um LincRNA denominado RNA não codificador anti-senso no lócus INK4 (ANRIL, também conhecido como CDKN2BAS).[27] Holdt LM et al.,[28] revelaram que a expressão de ANRIL estava correlacionada com a gravidade da aterosclerose por afetar a transcrição dos mRNAs, e o ANRIL também foi detectado em placas ateroscleróticas em seu estudo.[28]

Dois genes codificadores de proteínas, inibidores de quinase dependentes de ciclina (CDKN2A, CDKN2B) e a estrutura de leitura alternativa (ARF) no cromossomo 9p21, estão ligados a ANRIL inextricavelmente, os quais são supressores de tumor.[27] O complexo polycomb repressivo-1 (PRC-1) e o complexo polycomb repressivo-2 (PRC-2) são dois tipos de proteínas de grupo polycomb envolvidas na manutenção do estado da cromatina.[29] Suas subunidades CBX7 e SUZ12 se ligam ao ANRIL separadamente para silenciar o lócus CDKN2A/B através da trimetilação de H3 lisina[27] (K27H3).[30,31] Ainda, a repressão de CDKN2A/B pode estar relacionada à proliferação celular e apoptose no processo de aterosclerose.[32]

Holdt et al.,[28] descobriram que ANRIL estava em posição de exercer uma função reguladora na expressão de genes distantes em trans. O elemento Alu, que marca o promotor dos genes trans-regulados de ANRIL, é decisivo para a trans-regulação linear de ANRIL. As proteínas PcG, desencadeadas pela ligação com ANRIL, eram altamente abundantes a jusante dos motivos Alu.[33] O recrutamento de proteínas PcG poderia regular a expressão dos genes alvo (TSC22D3, COL3A1) e atenuar funções pró-aterogênicas mediadas por ANRIL, como células adesão, proliferação e apoptose.[3,33] Além disso, ANRIL desempenha um papel fundamental nos processos inflamatórios através da via TNF-α/NF-kB-ANRIL/YY1-IL6/8. As proteínas associadas a PRC Yin Yang 1(YY1), um fator de transcrição, formam um complexo funcional com ANRIL.[33] O complexo ANRIL-YYI se liga aos loci promotores de IL6/8 e estimula seu recrutamento na sinalização de TNF-α/NF-κB, levando à inflamação vascular.[34]

MALAT1, localizado no cromossomo 11q13, é descrito pela primeira vez como lncRNA associado a metástases de tumores de pulmão.[35] A expressão de MALAT1 é regulada para baixo em placas ateroscleróticas em comparação com artérias não ateroscleróticas.[36] Michalik et al.,[37] descobriram que o silenciamento de MALAT1 inibiu a mudança de um estado promigratório para um proliferativo das células endoteliais, resultando na redução do crescimento de vasos.[37] E MALAT1 também atua como um andaime molecular para interagir com o Polycomb 2 não metilado (Pc2); a expressão de Pc2 promove a SUMOilação de E2F1 e regula modificações de histonas para aumentar a proliferação celular.[38]

Em um experimento de controle, Gast et al.,39 observaram que os níveis séricos de TNF, IL-6 e IFN-γ estavam aumentados nos camundongos ApoE -/- deficientes em MALAT1, causando disfunção imunológica e aterosclerose agravada.[39] MALAT1 pode estar envolvido na resposta LPS inflamatória induzida via sinalização LPS/TLR4/NF-κB. MALAT1 interage com as subunidades p65/p50 de NF-κB, inibindo a ligação de p65/p50 a promotores alvo, como TNF-α e IL-6, atenuando uma inflamação excessiva.[40]

No metabolismo lipídico, MALAT1 pode ser regulado positivamente em macrófagos durante a estimulação ox-LDL.[41] CD36, um receptor eliminador de classe B, é necessário para a absorção de lipídios de ox-LDL.[42] A superexpressão de MALAT1 induz o recrutamento de β-catenina no promotor CD36 para aumentar a transcrição de CD36, promovendo a captação de lipídios em macrófagos e acelerando a formação de células espumosas em placas ateroscleróticas.[41]

NEAT1, um transcrito adjacente de MALAT1, pode aumentar a formação de paraspeckles em oxLDL-macrófago induzido, que suprime a captação de lipídios ligando-se ao mRNA de CD36 para inibir a expressão de CD36 e estimula a resposta inflamatória por meio da fosforilação de p65 para promover a secreção de TNFα.[43] Além disso, ASI et al.,[44] descobriram que a expressão de NEAT1 foi regulada positivamente em células do músculo liso vascular (VSMCs) após lesão vascular in vivo e in vitro, levando a um estado de cromatina inativa em genes específicos de SM por meio da ligação com o modificador de cromatina WDR5. A repressão da expressão de genes específicos de SM mudou VSMCs para fenótipo proliferativo, promovendo a proliferação e migração de VSMCs e, assim, a formação de neoíntima.[44]

A expressão de lincRNA-p21 foi regulada negativamente nas placas ateroscleróticas. O LincRNA-p21 diminuiu a interação MDM2/p53 e aumentou a interação p300/p53 para facilitar a atividade transcricional de p53, levando à repressão da formação neointimal, a inibição da proliferação celular e o aumento da apoptose em VSMCs e células macrófagos mononucleares in vitro e vivo.[45]

Além disso, alguns outros LncRNAs estão envolvidos no processo AS no nível transcricional, mas as descrições são limitadas. A superexpressão de LncRNA-MeXis em macrófagos pode facilitar a reversão do transporte de colesterol pelos macrófagos através do eixo LXR-MeXis-Abca1, sugerindo que LncRNA-MeXis desempenha um papel protetor no desenvolvimento de aterosclerose.[46] A expressão ectópica de LncRNA-HOTTIP, induzida por TNF-α ou fator de crescimento derivado de plaquetas (PDGFBB), aumenta a expressão de marcadores proliferativos ciclina D1 e PCNA através da via Wnt/β-catenina, subsequentemente estimulando a proliferação e migração de células endoteliais.[47] A O-GlcNAcilação modula a ativação do promotor HAS2-AS1, o transcrito anti-senso natural HAS2-AS1 pode regular a transcrição de HAS2 em cis através da remodelação da estrutura da cromatina,[48] HAS2 pode estar relacionado à proliferação de VSMCs,[49,50] recrutamento de macrófagos,[50] migração de VSMCs e formação de neoíntima,[51,52] e resposta inflamatória.[50,52] A expressão de LncRNA RP11-714G18.1 na placa aterosclerótica é baixa. Ainda assim, pode regular positivamente a expressão do gene LRP2BP próximo para prejudicar a migração celular, suprimir a adesão de ECs aos monócitos, reduzir a neoangiogênese, diminuir a apoptose de VSMCs e promover a produção de óxido nítrico. Além disso, o LRP2BP sérico foi positivamente relacionado ao colesterol de lipoproteína de alta densidade.[53]

HOXC-AS1 pode suprimir o acúmulo de colesterol em macrófagos por meio da promoção da expressão de HOXC6 em níveis de mRNA.[54] LEENE pode melhorar a função endotelial aumentando a transcrição inicial do RNA da eNOS.[55] Lethe Lin et al.,[56] atua como uma isca lncRNA para interagir com a subunidade RelA do NF-κB e inibe a ligação de RelA ao DNA de genes alvo, como IL6, SOD2, IL8, atenuando a resposta inflamatória.[56] LncRNA-TSLP induz a transcrição de HOTAIR através da via PI3K/AKT-IRF1, promovendo a proliferação e migração de células endoteliais na aterosclerose.[57] Além disso, a TSLP induzida por ox-LDL pode se ligar a células dendríticas (DCs) para ativar a inflamação Th[17,58] que está relacionado à gravidade e progressão da AS.[59]

Regulação pós-transcricional

Os LncRNAs atuam principalmente como RNAs endógenos competidores (ceRNAs) ou miRNAs “esponja” interagindo com miRNAs no processo de aterosclerose no nível de regulação pós-transcricional. (tabela 1) Além disso, eles também estão envolvidos no controle da tradução, regulação de splicing e o mecanismo de RNA de interferência pequeno (siRNA).[24]

MALAT1 atua como ceRNA na lesão de células induzidas por ox-LDL e desempenha um papel protetor na doença aterosclerose. MALAT1 poderia competir com miR-22-3p por RNA endógeno e regular positivamente os genes alvo CXCR2 e AKT de miR-22-3p para inibir a apoptose de células endoteliais e promover a migração de ECs e angiogênese.60 Cremer S et al.,[61] descobriram que MALAT1 “esponja” o miR-503 para reduzir a liberação de citocinas pró-inflamatórias, atenuando a inflamação da placa.[61] Além disso, o supressor de sinalização de citocina 1 (SOCS1) é a proteína alvo do miR-155 que regula negativamente a sinalização do transdutor de sinal da quinase ativada de Janus (JAK) e do ativador da transcrição (STAT). MALAT1 poderia diminuir a regulação de miR-155 e aumentar a expressão de SOCS1 para aliviar a inflamação e apoptose na aterosclerose.[62] Assim, MALAT1 pode desempenhar um papel protetor por meio da interação com miRNAs na patogênese da aterosclerose.

A expressão de lncRNA H19 foi regulada positivamente em macrófagos tratados com LDL-ox. MiR-130b regula a resposta inflamatória diminuindo os níveis translacionais de TNF-α, Sp1, NF-κB com estimulação lipídica[63] e inibe a adipogênese ao direcionar PPAR-g.[64] O silenciamento de H19 aumenta significativamente a expressão de miR-130b, que melhora a inflamação e a síntese de lipídios em células Raw264.7 tratadas com LDL-ox.[65] O H19 pode acelerar a proliferação e impedir a apoptose em VSMCs estimulados por LDL-ox, suprimindo diretamente a expressão de miR-148b e aumentando a expressão do gene WNT1 do miR-148b alvo.[66]

O LncRNA-MIAT pode estar envolvido na progressão da placa aterosclerótica. O MIAT é expresso principalmente nos macrófagos de placas ateroscleróticas avançadas. Com o tratamento ox-LDL, a expressão de MIAT é regulada positivamente. A molécula anti-fagocítica CD47, um gene alvo de miR-149-5p, está relacionada à depuração de células apoptóticas e núcleos necróticos[67] O MIAT interfere nas vias do miR-149-5p para aumentar o nível de CD47 em macrófagos, promovendo a vulnerabilidade da placa.[68] A formação do eixo MIAT/miR-181b/STAT3 desempenha um papel crítico nas células do músculo liso vascular da aorta humana induzidas por ox-LDL (HA-VSMCs) e células mononucleares humanas (U937). O MIAT regula para cima o transdutor de sinal e o ativador do nível da proteína de transcrição 3 (STAT3) por meio do sequestro de miR-181b, promovendo subsequentemente a proliferação, facilitando a parada do ciclo celular e inibindo a apoptose em células HA-VSMCs e U937.[69]

NEAT1 também estava envolvido no processo aterosclerótico como ceRNA, exceto para a remodelação da cromatina no nível transcricional. Wang et al.,[70] descobriram que NEAT1 foi significativamente regulado positivamente na presença de ox-LDL e serviu como uma esponja para reprimir a expressão de miR-342-3p, aumentando o nível sérico de IL-6, IL-1β, COX-2 e colesterol total levando para acelerar o processo de inflamação e a formação de células espumosas.[70] LncRNA-TUG1 poderia regular negativamente a expressão de miR-26a e aumentar o mRNA e o nível de proteína de TRPC6 para facilitar a apoptose das células endoteliais.[71] Zhang et al.,[72] revelou que o TUG1 esponjou miR-133a e regulou positivamente a expressão do fator de crescimento de fibroblastos 1 (FGF1), resultando em aumento da hiperlipidemia e resposta inflamatória excessiva agravou a lesão aterosclerótica.[72]

Além disso, mais e mais estudos demonstraram que muitos LncRNAs relacionados à aterosclerose desempenham um papel crucial na patogênese da AS, interagindo com miRNAs no nível pós-transcricional. LINC00305 atua como uma esponja endógena para miR-136 e inibe a expressão de miR-136 para suprimir a proliferação de células endoteliais vasculares e aumentar a apoptose.[73] LincRNA-p21 funciona como ceRNA para promover a apoptose de ECs e induz a progressão do ciclo celular ao direcionar o miR-130b.[74] LncRNA-GAS5 regula negativamente a expressão de miR-21 para aumentar a expressão de morte celular programada 4 (PDCD4), suprimindo a proliferação de ECs e desencadeando a apoptose de ECs.[75]

Outras

Os LncRNAs podem funcionar através da localização de proteínas, replicação de telômeros e interferência de RNA em alguns processos,[24] tal como localização de partículas de RNP em plantas leguminosas, extensão do telômero durante a replicação do DNA em eucariotos,[76] reduzindo o siRNA gerado por Dicer e afetando a expressão de genes regulados por Dicer.[77] No entanto seu mecanismo molecular subjacente relacionado ao desenvolvimento de aterosclerose permanece desconhecido.

Conclusão e Perspectiva

Tomados em conjunto, os LncRNAs podem estar envolvidos em vários processos associados à aterosclerose, incluindo resposta inflamatória, metabolismo lipídico e função celular. Eles regulam a patologia da aterosclerose em níveis epigenéticos, transcricionais e pós-transcricionais, como remodelamento da cromatina, promoção da transcrição e competição endógena por miRNAs. Portanto, os LncRNAs podem servir como novos marcadores diagnósticos e alvos terapêuticos promissores para aterosclerose e doenças vasculares. Além disso, todos esses papéis possíveis nos processos fisiopatológicos abriram espaços para decifrar a função e o mecanismo dos LncRNAs em doenças cardiovasculares e outras doenças, como tumores, doenças renais e nervosas.

Introduction

Cardiovascular diseases (CVDs) are regarded as a global health problem that accounts for 17.9 million deaths every year.[1] Atherosclerosis (AS), the principal driver of CVDs worldwide, is a lipid-driven chronic inflammatory process with endothelial dysfunction, foam cells formation and final plaque buildup.[2] This process is accompanied by cells proliferation, apoptosis, and the release of pro-inflammatory factors[3] (Figure 1). These can trigger plaque rupture and thrombosis formation, leading to acute clinical events, such as stroke and acute coronary syndrome.[4]

Figure 1

The pathogenesis of atherosclerosis.

In the mammalian genome, the encoded protein RNAs are only < 3%.[5] That fraction of the coding gene makes, therefore, hard to explain the complex regulatory mechanism of the organism. In recent years, accumulating studies have revealed the important role of non-coding protein RNAs in the pathophysiological processes of various diseases.[6,7] According to the length, the non-coding RNAs (ncRNAs) can be divided into long non-coding RNA (lncRNA, >200 nucleotides) and small non-coding RNA (<200 nucleotides, such as miRNAs, piRNAs and siRNAs).[8] In many researches, some small ncRNAs’ regulatory functions and biological effects have been demonstrated.[9-11] The function of many lncRNAs is unknown, but an increasing number of lncRNAs have been characterized.

The biosynthesis of lncRNA is similar to that of mRNA. LncRNAs are transcribed by RNA polymerase II but lack open reading frames, and they are in a lower expression than protein-coding genes.[8] LncRNAs are mainly located within the nucleus and cytoplasm.[12] In the cytoplasm, lncRNAs can bind with ribosomes[13] or originate from the mitochondrial genome.[14] Early reports show that many lncRNAs can’t encode proteins because they lack open reading frames (ORFs) or contain few ORFs. But emerging evidence suggests that some lncRNAs contain small ORFs encoding small proteins or micropeptides, which are regarded as key regulators in various biological processes.[8,15,16] Studies demonstrate that lncRNAs play critical roles in the function of endothelial and vascular smooth muscle cells (VSMC), macrophage activation, lipid metabolism and inflammatory response.[17,18] In this review, we mainly discuss the regulation of lncRNAs are involved in the pathophysiologic process of atherosclerosis at transcriptional and post-transcriptional levels.

The pathogenesis of atherosclerosis is accompanied by cell dysfunction, such as proliferation, apoptosis, and migration. The result is foam cells formation and plaque buildup.

The classifications and regulatory mechanism of LncRNAs

According to the correlation between the genomic location and protein-coding genes, lncRNAs can be divided into (1) intergenic lncRNAs (lincRNAs) that express protein-coding genes as an independent unit. (2) intronic lncRNAs that derive from the introns of protein-coding genes. (3) antisense lncRNAs transcribed from the opposite direction of protein-coding genes. (4) sense lncRNAs that overlap with exons of protein-coding genes on the same strand. (5) enhancers that originate in the enhancer of protein-coding genes. (6) bidirectional lncRNAs that are transcribed from the divergent bidirectional promoters.[19,20] The criteria of classification also include the various functions in local gene regulation: cis- (regulating proximal genes expression) and trans- (regulating distant genes expression).[21] Besides, lncRNAs transcripts can also be categorized into linear or circular.[22]

The mechanism of lncRNAs functioning has not been completely elucidated, but it can be classified roughly into several groups: 1. transcriptional regulation is embodied in transcriptional interference, chromatin remodeling and promotion of transcription; 2. post-transcriptional levels manifest in mRNAs splicing regulation translational control and even as sponges for miRNAs; 3. Others contain protein localization, telomere replication, and RNA interference, etc. Furthermore, their targeting mechanisms for regulating gene expression are summarized as the following: signals, decoys, guides and scaffolds.[22,23]

Transcriptional regulation

LncRNAs can exert their transcriptional regulation through cis-acting and trans-acting mechanisms. (Table 1) LncRNAs regulate neighboring genes expression in cis via transcriptional interference or chromatin remodeling.[24] Trans-acting lncRNAs can interact with RNA polymerases and transcription elongation factors or serve as a scaffold for chromatin modification complexes to regulate the distant genes.[24,25]

Table 1

The role of lncRNAs in the pathologic process of atherosclerosis

	lncRNAs	Mechanism	Effect		References
Cells function			Proliferation	Apoptosis
Endothelial cells (ECs)	MALAT1	MALAT1-Pc2 (CBX4)-E2F1	+		38
	GAS5	GAS5 - ceRNA (miR-21)	−	+	75
	HOTTIP	TNF-α/PDGFBB-HOTTIP-β-catenin	+		47
	MALAT1	ceRNA (miR-22-3p)		−	60
	TUG1	ceRNA (miR-26a)		+	71
Macrophages, Smooth muscular cells	ANRIL	Bind with CBX7 and SUZ12	+	−	32
	NEAT1	NEAT1-WDR5-SM-specific genes	+		44
	LincRNA-p21	lincRNA-p21-MDM2/ p300-p53	+	−	45
	HAS2	remodeling chromatin structure	+		49,50
	RP11-714G18.1	upregulate LRP2BP expression		−	53
	H19	ceRNA (miR-148b)	+	−	66
	MIAT	ceRNA (miR-181b)	+	−	69

represents prompt or increase, and

represents prevent or decrease.

The Wellcome Trust Case Control Consortium (WTCCC) study and the genome-wide association studies found that a region on chromosome 9p21 (Chr9p21) was strongly associated with coronary artery disease strongly.[26] The region is adjacent to a lincRNA named antisense non-coding RNA in the INK4 locus (ANRIL, also known as CDKN2BAS).[27] Holdt LM et al.[28] had revealed that ANRIL expression was correlated with atherosclerosis severity by affecting mRNAs’ transcription, and the ANRIL was also detected in atherosclerotic plaques in their study.[28]

Two protein-coding genes, cyclin-dependent kinase inhibitors(CDKN2A, CDKN2B) and the alternative reading frame (ARF) on chromosome 9p21, are tied to ANRIL inextricably, which are tumor suppressors.[27] The polycomb repressive complex-1 (PRC-1) and polycomb repressive complex-2 (PRC-2) are two kinds of polycomb group proteins involved in maintaining chromatin state.[29] Their subunits CBX7 and SUZ12 bind ANRIL separately to silence CDKN2A/B locus through H3 lysine27 (K27H3) trimethylation.[30,31] Yet, the repression of CDKN2A/B may be related to cell proliferation and apoptosis in the atherosclerosis process.[32]

Holdt et al.[28] found that ANRIL was in a position to exert a regulatory function in distant gene expression in trans. Alu element, marking the promoter of the ANRIL trans-regulated genes, is decisive for linear ANRIL trans-regulation. PcG proteins, triggered by binding with ANRIL, were highly abundant downstream of the Alu motifs.[33] The recruitment of PcG proteins could regulate the expression of the target genes (TSC22D3, COL3A1) and attenuate ANRIL-mediated pro-atherogenic functions, such as cell adhesion, proliferation, and apoptosis.[3,33] Furthermore, ANRIL plays a pivotal role in the inflammatory processes through TNF-α/NF-kB-ANRIL/YY1-IL6/8 pathway. PRC-associated proteins Yin Yang 1 (YY1), a transcriptional factor, form a functional complex with ANRIL.[33] ANRIL-YYI complex binds to IL6/8 promoter loci and stimulates their recruitment in the TNF-α/NF-κB signaling, leading to vascular inflammation.[34]

MALAT1, located on chromosome 11q13, is first described as lncRNA associated with metastasis of lung tumors.[35] MALAT1 expression is downregulated in atherosclerotic plaques in comparison to non-atherosclerotic arteries.[36] Michalik et al.[37] found that silencing of MALAT1 inhibited a switch from a promigratory to a proliferative state of the endothelial cells, resulting in the reduction of vessel growth.[37] And MALAT1 also acts as a molecular scaffold to interact with unmethylated Polycomb 2 (Pc2); the expression of Pc2 promotes E2F1 SUMOylation and regulates histone modifications to increase cell proliferation.[38]

In a control experiment, Gast et al.[39] observed that the serum levels of TNF, IL-6, and IFN-γ were increased in the MALAT1-deficient ApoE-/- mice, causing immune dysfunction and aggravated atherosclerosis.[39] MALAT1 may be involved in the LPS‐induced inflammatory response via LPS/TLR4/NF-κB signaling. MALAT1 interacts with NF-κB subunits p65/p50, inhibiting p65/p50 binding to target promoters such as TNF-α and IL-6, then attenuating an excessive inflammation.[40]

In lipid metabolism, MALAT1 may be upregulated in macrophages during ox-LDL stimulation.[41] CD36, a class B scavenger receptor, is required for lipid uptake of ox-LDL.[42] MALAT1 overexpression induces the recruitment of β-catenin on the CD36 promoter to enhance CD36 transcription, promoting lipid uptake in macrophages and accelerating the foam cell formation in atherosclerotic plaques.[41]

NEAT1, an adjacent transcript of MALAT1, can enhance the paraspeckles formation in oxLDL-induced macrophage, which suppresses lipid uptake by binding CD36 mRNA to inhibit CD36 expression and stimulates inflammatory response via phosphorylating p65 to promote TNF-α secretion.[43] Besides, Ahmed ASI et al.[44] found that NEAT1 expression was upregulated in vascular smooth muscle cells (VSMCs) after vascular injury in vivo and in vitro, leading to an inactive chromatin state in SM-specific genes through binding with the chromatin modifier WDR5. The repression of SM-specific genes expression switched VSMCs to proliferative phenotype, promoting VSMCs proliferation and migration and thereby neointima formation.[44]

The expression of lincRNA-p21 was downregulated in the atherosclerotic plaques. LincRNA-p21 decreased MDM2/p53 interaction and increased p300/p53 interaction to facilitate the transcriptional activity of p53, leading to the repression of neointimal formation, the inhibition of cell proliferation and the enhancement of apoptosis in VSMCs and mononuclear macrophage cells in vitro and vivo.[45]

Also, some other lncRNAs are involved in the AS process at the transcriptional level, but the descriptions are limited. The overexpression of lncRNA-MeXis in macrophages may facilitate macrophage reversing cholesterol transport via the LXR-MeXis-Abca1 axis, suggesting that lncRNA-MeXis plays a protective role in the development of atherosclerosis.[46] Ectopic expression of lncRNA-HOTTIP, induced by TNF-α or platelet-derived growth factor (PDGFBB), increases proliferative markers cyclin D1 and PCNA expression through the Wnt/β-catenin pathway, subsequently prompting the endothelial cell proliferation and migration.[47] The O-GlcNAcylation modulates HAS2-AS1 promoter activation, HAS2-AS1 natural antisense transcript can regulate HAS2 transcription in cis through remodeling chromatin structure,[48] HAS2 may be related to VSMCs proliferation,[49,50] macrophages recruitment,[50] VSMCs migration and neointima formation,[51,52] inflammatory response.[50,52] The expression of lncRNA RP11-714G18.1 in atherosclerotic plaque is low. Still, it can upregulate nearby gene LRP2BP expression to impair cell migration, suppress the adhesion of ECs to monocytes, reduce the neoangiogenesis, decrease VSMCs apoptosis and promote nitric oxide production. Furthermore, the serum LRP2BP was positively related to high-density lipoprotein cholesterol.[53]

HOXC-AS1 may suppress the cholesterol accumulation in macrophages via promoting HOXC6 expression at mRNA levels.[54] LEENE can improve endothelial function by enhancing eNOS initial RNA transcription.[55] Lethe Lin et al.56 acts as a decoy lncRNA to interact with the NF-κB subunit RelA and inhibits RelA binding to target genes DNA, such as IL6, SOD2, IL8, attenuating the inflammatory response.[56] LncRNA-TSLP induces HOTAIR transcription through PI3K/AKT-IRF1 pathway, promoting endothelial cell proliferation and migration in atherosclerosis.[57] Besides, ox-LDL induced TSLP may bind to dendritic cells (DCs) to activate the Th17 inflammation,[58] which is related to the severity and progression of AS.[59]

Post-transcriptional regulation

LncRNAs mainly act as competing endogenous RNAs (ceRNAs) or miRNAs “sponge” interacting with miRNAs in the process of atherosclerosis at the post-transcriptional regulation level. (Table 1) Furthermore, they are also involved in translational control, splicing regulation and small interfering RNA (siRNA) mechanism.[24]

MALAT1 acts as ceRNA in ox-LDL-induced cells injury and plays a protective role in atherosclerosis disease. MALAT1 could compete with miR-22-3p for endogenous RNA and upregulate the target genes CXCR2 and AKT of miR-22-3p to inhibit endothelial cells apoptosis and promote the ECs migration and angiogenesis.[60] Cremer S et al.[61] found that MALAT1 “sponged” miR-503 to reduce the release of pro-inflammatory cytokines, attenuating plaque inflammation.[61] Besides, the suppressor of cytokine signaling 1 (SOCS1) is the target protein of miR-155 that negatively regulates Janus activated kinase (JAK)-signal transducer and activator of transcription (STAT) signaling. MALAT1 could downregulate miR-155 and increase the expression of SOCS1 to alleviate the inflammation and apoptosis in atherosclerosis.[62] Thus, MALAT1 may play a protective role via interacting with miRNAs in the pathogenesis of atherosclerosis.

The expression of lncRNA H19 was up-regulated in ox-LDL treated macrophages. MiR-130b regulates the inflammatory response by decreasing the translational levels of TNF-α, Sp1, NF-κB with lipid stimulation[63] and inhibits adipogenesis by targeting PPAR-g.[64] Silencing of H19 significantly increases the expression of miR-130b, which ameliorates inflammation and lipid synthesis in ox-LDL-treated Raw264.7 cells.[65] H19 can accelerate proliferation and impede apoptosis in ox-LDL-stimulated VSMCs by directly suppressing miR-148b expression and enhancing miR-148b target gene WNT1 expression.[66]

LncRNA-MIAT may be involved in atherosclerotic plaque progression. MIAT is mainly expressed in the macrophages of advanced atherosclerotic plaques. With the ox-LDL treatment, the expression of MIAT is upregulated. Anti-phagocytic molecule CD47, a target gene of miR-149-5p, is related to apoptotic cell clearance and necrotic cores.[67] MIAT interferes with miR-149-5p pathways to increase the CD47 level in macrophages, promoting plaque vulnerability.[68] The formation of the MIAT/miR-181b/STAT3 axis plays a critical role in ox-LDL induced human aorta vascular smooth muscle cells (HA-VSMCs) and human mononuclear cells (U937). MIAT up-regulates signal transducer and activator of transcription 3 (STAT3) protein level through sequestering miR-181b, subsequently promoting proliferation, facilitating cell cycle arrest and inhibiting apoptosis in HA-VSMCs and U937 cells.[69]

NEAT1 was also involved in the atherosclerotic process as ceRNA except for remodeling chromatin at the transcriptional level. Lei Wang et al.[70] found that NEAT1 was significantly upregulated in the presence of ox-LDL and served as a sponge to repress the expression of miR-342-3p, increasing the serum level of IL-6, IL-1β, COX-2, and total cholesterol leading to accelerating inflammation process and the formation of foam cells.[70] LncRNA-TUG1 could down-regulate the expression of miR-26a and increase the mRNA and protein level of TRPC6 to facilitate the endothelial cells apoptosis.[71] Lei Zhang et al.[72] revealed that TUG1 sponged miR-133a and up-regulated fibroblast growth factor 1 (FGF1) expression, resulting in increased hyperlipidemia and excessive inflammatory response aggravated atherosclerotic lesion.[72]

In addition, more and more studies have demonstrated that plenty of atherosclerosis-related lncRNAs plays a crucial role in the pathogenesis of AS by interacting with miRNAs at the post-transcriptional level. LINC00305 acts as an endogenous sponge for miR-136 and inhibits miR-136 expression to suppress the vascular endothelial cells proliferation and enhance apoptosis.[73] LincRNA-p21 functions as ceRNA to promote ECs apoptosis and induces cell cycle progression by targeting the miR-130b.[74] LncRNA-GAS5 negatively regulates miR-21 expression to enhance programmed cell death 4 (PDCD4) expression, suppressing ECs proliferation and triggering ECs apoptosis.[75]

Others

LncRNAs may function through protein localization, telomere replication and RNA interference in some processes,[24] such as localizing RNP particles in legume plants, extending telomere during DNA replication in eukaryote,[76] reducing Dicer-generated siRNA and affecting the expression of Dicer-regulated genes.[77] While their underlying molecular mechanism related to the development of atherosclerosis remains unknown.

Conclusion and Perspective

Taken together, lncRNAs can be involved in several processes associated with atherosclerosis, including inflammatory response, lipid metabolism and cells function. They regulate the pathology of atherosclerosis at epigenetic, transcriptional and post-transcriptional levels, such as chromatin remodeling, promotion of transcription and competing endogenous for miRNAs. Therefore, lncRNAs may serve as promising novel diagnostic markers and therapeutic targets for atherosclerosis and vascular diseases. Moreover, all of these possible roles in physiopathologic processes have opened venues to decipher the function and mechanism of lncRNAs in cardiovascular diseases and other diseases, such as tumors, renal diseases and nervous diseases.