Les virus sont depuis longtemps associés aux maladies auto-immunes. Plusieurs mécanismes ont été proposés pour expliquer comment une infection virale peut annuler la tolérance immunitaire et initier un processus autoréactif spécifique d'organe. Nous discutons deux mécanismes potentiels d'initiation virale de l'autoimmunité, le mimétisme moléculaire et l'inflammation locale accompagnée d'activation. Ils jouent un rôle central dans le développement de l'auto-immunité et ne sont pas mutuellement exclusifs, ce qui leur permet une contribution individuelle à la maladie.Des arguments récents suggèrent un rôle supplémentaire des virus dans la réactivation et la chronicité des maladies auto-immunes.