[Managing lower respiratory tract infections in immunocompetent patients. Definitions, epidemiology, and diagnostic features].

Particular attention is given to lower respiratory tract infections because of their frequency and potential severity. These infections represent a major cause of death worldwide and pneumonia remains the first cause of death from infectious origin in France. Three nosological entities are usually described according to the anatomic localization of the infectious process: acute bronchitis, pneumonia, and bronchopneumonia (if the infection involves the bronchial tree and the lung parenchyma). If bronchial infection occurs within the context of a chronic respiratory tract disease, it is called acute decompensation of chronic lung disease (usually chronic obstructive pulmonary disease). The major diagnostic difficulties are to be able to confirm alveolar implication in the infectious process and to determine the pathogenic agent(s) responsible for the clinical pattern. This information is essential for subsequent care depends. Apart from clinical examination, essential in this context, only chest-X-rays can be of any help to confirm alveolar involvement in the disease process. On the contrary, the interest of systematic microbiological confirmation and its value according to various techniques and swab conditions may be questioned for the clinical diagnosis. Microbiological confirmation does not seem essential in every case. The feasibility and relevance of microbiological techniques must be determined before any decision is taken on documentation. The microbiological documentation value depends on its yield and sensitivity profile in identifying the pathogen.

Introduction

La recherche des document à été réalisé sur les bases de données scientifiques : Pubmed, Pascal, Embase, Ovid, ainsi que sur les sites des sociétés savantes françaises et internationales : World Health Organization, Société de pneumologie de langue française, Société de pathologies infectieuses de langue française, Société de réanimation de langue française, Société française d'anesthésie et réanimation, Agence nationale d'accréditation et d'évaluation en santé, l'Agence française de sécurité sanitaire des produits de santé. Les mots clés utilisés ont été : « pneumonia », « community-acquired infections », « lower respiratory tract infection », « infection », « lower respiratory tract », « bronchial infections », « Chronic Obstructive Pulmonary Disease », « pulmonary disease, chronic obstructive », « Acute exacerbation », « Serere pneumonia », « Viral pneumonia », « bacterial », « fungal », « acure respiratory failure », « sputum », « antigenuria » (peu de réponse avec ce mot clé, « antigens urins », « serology », « bacterial detection », « viral detection », « bronchoalveolar lavage », « protected brush », « fiberoscopy ». L'ensemble de ces termes à permis la mise en évidence de 42 562 articles après avoir limité la recherche aux dix dernières années, parmi lesquelles 12 559 concernant les pneumopathies proprement dites. Les articles français étaient au nombre de 1855. Après avoir éliminés les articles traitant des infections nosocomiales, les articles de thérapeutique et de pronostic durant ou au décours immédiat de la maladie ainsi que les articles traitant des patients immunodéprimés, puis avoir mis de côté les articles redondants, seuls 694 abstracts ont été lus et 213 articles ont été retenus.

Une étude hebdomadaire (ou mensuelle) des sommaires des revues suivantes à été réalisé durant les six derniers mois : New England Journal of Medicine, Annals of internal medicine, Archives of internal médicine, Journal of American Medical Association, British Medical journal, Canadian Medical Association Journal, Lancet, Critical care medicine, Critical care, Intensive care, European Respiratory journal, American journal of Medicine, American journal of respiratory and Critical Care Medicine, Chest, Clinical Intectious Diseases, Journal of Infectious Diseases, Revue des maladies respiratoires, Réanimation, Médecine et maladies infectieuses, Annales d'anesthésie et de réanimation.

Les livres disponibles en lignes (Encyclopédie médicochirurgicale de pneumonogie et de pathologies infectieuses) ont été consultées via Internet. Les autres livres et revues ont été consultés en bibliothèque.

Définitions Annexe

Les infections respiratoires basses vont avoir en commun un certain nombre d'éléments anamnestiques et physiques, le tableau clinique étant donc de faible intérêt pour discriminer les patients ayant une pneumopathie de ceux n'en n'ayant pas [1]. La présence de fièvre, de sueurs, de frissons, la notion d'une toux d'apparition ou d'aggravation récente, l'apparition ou la modification d'une bronchorrhée, la présence d'une dyspnée et l'éventuelle association à une douleur thoracique pourront être présentes quelle que soit la pathologie. Le tableau pourra s'associer à la présence de signes respiratoires hauts, ainsi que de signes extrarespiratoires, tels que la présence de céphalées, d'arthralgies ou de myalgies, de sueurs [2]. Une étude met en évidence une valeur prédictive négative à 82 % lors de l'association d'une température inférieure à 37,8 °C, d'une fréquence respiratoire inférieure à 20 cycles par minutes et d'une fréquence cardiaque inférieure à 100 par minute [1]. Enfin, on pourra s'aider de l'absence d'argument en faveur d'un diagnostic différentiel [3]. Mais ses éléments sont très insuffisants pour porter le diagnostic de bronchite ou de pneumopathie.

Diagnostic de la bronchite aiguë

Le diagnostic de bronchite aiguë n'est pas consensuel à ce jour. Cependant, les définitions les plus fréquemment retrouvées dans la littératures ont été rassemblées par Macfarlane [4] , qui retrouve majoritairement la notion de toux productive évoluant depuis moins de 15 à 30 jours, pouvant être associée à d'autres symptômes respiratoires, en particulier la dyspnée voire la douleur thoracique [2] et parfois également à la présence d'un freinage expiratoire ou d'un wheezing, voire d'anomalies auscultatoires [3], [4]. La fièvre est généralement peu marquée voire absente [2]. Il est généralement reconnu que ce tableau ne s'accompagne d'aucune image parenchymateuse pulmonaire aiguë [4].

Diagnostic de la décompensation aiguë infectieuse de bronchopathie chronique obstructive

Le diagnostic de décompensation aigu de BPCO par surinfection bronchique est définit par les critères décrits par Anthonisen [5]  : aggravation de la dyspnée, aggravation de la toux, modification de l'abondance et/ou de la qualité de la bronchorrhée. En particulier, la présence d'une bronchorrhée franchement purulente serait associée à la présence d'une surinfection bactérienne [6]. On retrouve parfois la notion d'aggravation du wheezing [7], [8].

Diagnostic de la pneumopathie aiguë infectieuse

Le terme de pneumonie inclus toutes les infections du parenchyme pulmonaire [1], [9], [10]. Les éléments cliniques du diagnostic comprennent des symptômes et des signes en rapport avec l'inflammation du tractus respiratoires [11], [12], la présence d'une fièvre tachypnée ou d'une polypnée, la tachycardie [13], à la présence de signes auscultatoires, en particulier focaux [4], [11], [12], [13], [14], [15], [16], [17], [18], [19], [20], [21]. Macfarlane préconise l'association d'une infection aiguë des voies aériennes inférieures depuis 21 jours ou moins, l'apparition d'anomalies récentes à l'examen thoracique et au moins un des symptômes parmi la fièvre, les sueurs, les frissons, les douleurs et l'absence d'autre pathologie à l'origine de la symptomatologie [4]. Joshua Metlay et Michaël Fine proposent comme « gold standard », en absence de biopsie parenchymateuse, l'association d'un tableau clinique compatible, d'un cliché thoracique objectivant une opacité, d'éléments biologiques d'inflammation et d'une étude microbiologique de prélèvements issus directement du parenchyme pulmonaire [1]. Il n'y a cependant pas de critères clairement établit nécessaires et suffisant au diagnostic de certitude de la pneumopathie aiguë infectieuse communautaires [18]. L'examen clinique seul est insuffisant pour porter le diagnostic de pneumopathie aiguë infectieuse [16], [22]. L'association de fièvre (à plus de 37,8 °C), d'une toux productive tout au long de la journée, de myalgies, de sueurs nocturnes l'absence de maux de gorge et de rhinorrhée et d'une augmentation de la fréquence respiratoire au-delà de 25 cycles par minute auraient en association une sensibilité de 91 % et une spécificité de 40 % [4], [11]. Une durée d'évolution courte au moment du diagnostic pourrait être un facteur discriminant en ville [11]. On peut retrouver dans 10 à 30 % des pneumopathies la présence de signes extrarespiratoires [23], [24].

Classification des différents tableaux de pneumopathies aiguës infectieuses

La classification des tableaux cliniques de pneumopathies se fait selon la présentation « typique » ou « atypique » de cette pneumopathie [25]. La sensibilité et la spécificité des symptômes et signes des infections respiratoires basses sont relativement faibles [12], [26], [27], rendant toute classification clinique imprécise.

Gravité des pneumopathies

Les patients seront orientés vers une prise en charge en ville, à l'hôpital voire en soins intensifs en fonction de leur gravité. Celle-ci devra être évaluée par un certain nombre de scores [28], [29], [30], [31], [32], [33], [34], [35] , mais également par l'appréciation clinique du praticien. La gravité sera déterminée en fonction de la sévérité du tableau clinique, biologique et radiologique mais également en fonction du terrain du patients. Il n'y à en revanche aucune définition absolue de la pneumopathie communautaire sévère [36]. On retient habituellement la nécessité d'hospitalisation en unité de soins intensifs ou de réanimation, la décision de transfert étant prise aux vues d'éléments cliniques, biologiques, socioéconomiques et de scores clinicobiologiques. L'American Thoracic Society à proposé une définition de la pneumopathie sévère [15].

Nous proposons donc que soient retenus dans la définition pour (Tableau 1 ) :

Tableau 1

Définitions des états infectieux de l'arbre respiratoire inférieur

	Clinique	Paraclinique
Infection respiratoire basse aiguë	Toux associée à Bronchorrhée Dyspnée Gêne ou douleur thoracique Dans un contexte inflammatoire marqué par SIRS Fièvre Frissons Sueurs (parfois à prédominance nocturne) Évoluant depuis moins de 21 jours	–
Syndrome de réponse inflammatoire systémique	Fréquence cardiaque supérieure à 90 b/min, fréquence respiratoire > 20/min Température supérieure à 38 °C ou inférieure à 36 °C	Leucocytes > 12 000/mm3 ou inférieurs à 4000/mm3 Ou plus de 10 % de cellules immatures sur la formule PaCO2  < 32 mmHg
Pneumopathie	Association d'un tableau d'infection respiratoire basse aiguë à la présence d'anomalies auscultatoires en particulier en foyer	Infiltrat récent sur le cliché thoracique
Communautaire	Survenant en ville. À distance de toute hospitalisation, y compris à domicile soit plus de trois mois après une éventuelle hospitalisation	–

SIRS : Syndrome de réponse inflammatoire systémique.

la bronchite aiguë : apparition d'une symptomatologie respiratoire basse associant la dyspnée, la toux éventuellement accompagnée d'une bronchorrhée qui pourra être muqueuse, mucopurulente ou purulente voire la douleur thoracique, dans un contexte inflammatoire modéré (fébricule) et sans argument pour une participation parenchymateuse  ;

la surinfection de bronchopathie chronique : modification qualitative et/ou quantitative d'une bronchorrhée chronique avec aggravation concomitante de la dyspnée chez un patient ayant une atteinte bronchique chronique connue ou suspectée aux vues de ces antécédents  ;

la pneumopathie aiguë infectieuse : tableau d'infection des voies aériennes sous glottiques (cf. supra) associé à une participation parenchymateuse pulmonaire qui pourra se manifester par la présence d'un syndrome de condensation alvéolaire ainsi que par la présence d'images thoracique récentes alvéolaires ou interstitielles  ;

les pneumopathies nécessitant l'hospitalisation : une définition identique à la précédente, associée à la mesure de marqueurs biologique de l'inflammation, confirmant la présence d'un syndrome inflammatoire accompagnant le tableau respiratoire. La gravité de ce tableau sera évalué par un score , ainsi que par le jugement du clinicien en fonction de la gravité clinique immédiate mais également des conditions cognitives, sociales et économiques du patient et de son entourage éventuel .

Épidémiologie

Les infections respiratoires basses représentent une des principales cause de décès à travers le monde [12], [37], [38]. Les infections respiratoires basses représentent en Grande-Bretagne la première cause motivant une consultation dans un service d'urgence, l'incidence de pneumopathies vraies confirmées par le cliché thoracique serait de 7 % environ [1]. Cette incidence parmi les patients antérieurement sains consultant leur médecin traitant pour une toux d'apparition récente serait de 6 % [3].

Dans l'étude épidémiologique de Lovering et al. [39] à Bristol, les pneumopathies proprement dites représentent environ un tiers des épisodes et celle des décompensations bronchiques représentent 40 % de la totalité des épisodes infectieux. L'incidence de l'hospitalisation toutes causes confondues est de 62,3 patients pour 10 000 habitants, mais on observe la même augmentation de l'incidence en fonction de l'âge que celle observée dans les autres études. Ainsi, l'incidence est de 15 pour 10 000 habitants pour les 15 à 40 ans, de plus de 200 cas pour 10 000 pour les patients de plus de 60 ans [40] et augmente au-delà de 300/10 000 chez les patients de plus de 79 ans. Cette variation est retrouvée dans tous les cas à l'exception des décompensations de maladie asthmatique.

On estime en France que 50 à 90 % des épisodes de bronchites aiguës sont le fait d'infections virales, le plus souvent Myxovirus influenzae, para-influenzae, virus respiratoire syncytial (VRS) et adénovirus chez l'adulte [41], [42]. L'incidence des infections virales est variable durant l'année avec un pic de survenue pendant les mois d'automne et d'hiver, avec une incidence supérieure à 100 cas pour 100 000 habitants par semaine [42].

La survenue d'une décompensation aiguë infectieuse d'une BPCO est un événement qui est grave. Ainsi, la mortalité hospitalière est de 10 % environ et la mortalité à un an aux alentours de 40 % [8], [43], [44].

En France, l'incidence de la pneumopathie aiguë communautaire serait d'environ 4,7 à 11,6 pour 1000 habitants [45]. La nécessité de prise en charge en unité de soins intensifs représente environ 2 % de l'ensemble des pneumopathies communautaires [10].

Les pneumopathies représentent une cause fréquente de mortalité [46], [47]. Aux États-Unis, elle représente la première cause de mortalité d'origine infectieuse avec environ 45 000 décès par an [14] et la sixième cause de mortalité globale [3], [12], [48]. En France la pneumonie communautaire représente la première cause de mortalité d'origine infectieuse et la cinquième cause de mortalité globale [45]. Elle atteint 57 % parmi les patients hospitalisés dans les unités de soins intensifs [11], [36], [46], [49]. Cette mortalité est particulièrement importante en cas d'infection par Streptococcus pneumoniae [50], [51], [52].

Épidémiologie microbiologique

L'étiologie microbienne des infections respiratoires basses de l'adulte immunocompétent va être fonction du terrain du patient, d'un éventuel contexte épidémique mais également d'autres facteurs tels que la localisation géographique, l'environnement immédiat ou la période de l'année. Ainsi, la survenue d'une grippe sera beaucoup plus fréquente durant les mois d'hiver [18], [25], [42], alors que l'infection à Mycoplasma pneumoniae qui est présente tout au long de l'année [14] serait-elle plus fréquente au printemps [16]. De manière générale la survenue de pneumopathies communautaires est plus fréquente durant les mois d'automne et d'hiver [14], [18]. Le froid est un facteur clairement favorisant de la survenue d'infections respiratoires, en particulier chez les bronchopathes chroniques [53] . Les germes les plus souvent retrouvés dans les infections respiratoires basses des adultes immunocompétents sont S. pneumoniae, Hemophilus influenzae et Moraxella catarrhalis [54]. On retrouve également de nombreux virus tels que M. influenzae, adénovirus, VRS, virus para-influenzae ou coronavirus [16], [19], en particulier dans les infections bronchiques aiguës.

Dans les bronchites aiguës communautaires de l'adulte immunocompétent

L'infections bronchique chez l'adulte sain est le plus souvent le fait d'un agent infectieux viral [42]. Dans l'asthme, les germes atypiques pourraient jouer un rôle important dans les décompensations aiguës d'origine infectieuses, nécessitant l'hospitalisation, en particulier M. pneumoniae [55]. Ce constat est vrai aussi pour les infections virales [55].

Dans les décompensations infectieuses des sujets bronchopathes chroniques

Les bactéries semblent jouer un rôle important dans les décompensations respiratoires des BPCO [56]. L'origine infectieuse de la décompensation serait confirmée dans 42 à 62 % des cas [2], l'origine bactérienne étant présente dans la moitié des cas environ. Les agents microbiens les plus fréquemment rencontrés dans ce contexte sont S. pneumoniae, H. Influenzae, M. catarrhalis [8] et Legionella pneumophila [11], [14], [40]. On retrouve dans les surinfections de BPCO une prédominance de H. influenzae [25], suivi de S. pneumoniae [57], des entérobactéries, de Pseudomonas aeruginosa [16] et de M. catarrhalis et Staphylococcus aureus [41].

Les agents viraux représentent les agents principaux des décompensations de BPCO non pneumoniques [53], [58], [59] . Ils pourraient être impliqués dans 50 % des cas de décompensation respiratoires des BPCO [7], [58].

Dans les bronchectasies, la proportion d'H. Influenzae est plus marquée, pouvant atteindre 85 %, suivie de S. pneumoniae (35 %) et de S. aureus (5 %) [41].

Dans les pneumopathies aiguës communautaires de l'adulte immunocompétent

L'agent pathogène le plus souvent retrouvé à travers le monde dans les pneumopathies communautaire reste S. pneumoniae [2], [15], [16], [24], [47], [60], [61], [62], quel que soit le groupe d'âge considéré [63]. S. pneumoniae représenterait deux tiers des agents responsables de pneumopathies bactériémiques [14]. Viennent ensuite, H. influenzae [10], Chlamydiae pneumoniae et L. pneumophila [57] . Les agents « atypiques » pourraient représenter 2 à 30 % des pneumopathies communautaires [64].

M. pneumoniae

Il est l'agent bactérien le plus fréquemment retrouvé dans les enquêtes épidémiologiques chez les sujets jeunes sans comorbidité [4], [40]. Il représente environ 7 à 37 % des agents infectieux [4], [15], [16], [19], [37], [40], [48], [63], [65], [66]. Il est à l'origine de petites épidémies dans des lieux clos, tels que les bases militaires ou les internats [25]. Toutes causes et tous terrains confondus, M. pneumoniae pourrait représenter le troisième agent pathogène bactérien dans les pneumopathies communautaires sévères [16].

Chlamydiae spp

C. pneumoniae pourrait lui même représenter 6 à 22 % des causes en fonction des localisations géographiques [64].

Legionella spp

L'incidence du diagnostic de la légionellose en France aurait été multipliée par 10 en cinq ans, du fait à la fois d'une augmentation de sa déclaration mais également du fait de l'amélioration des moyens diagnostiques [67]. En 2001 en France, l'incidence de la légionellose était de 1,35 pour 100 000 habitants. La légionellose communautaire représente environ 80 % des cas déclarés. Le tropisme de L. pneumophila pour les canalisations d'eau chaude explique le risque d'épidémie en particulier en cas de sédiment important et de stagnation dans les canalisations [25]. En Europe, une étude observationnelle de surveillance a ainsi permis la mise en évidence d'un risque accru d'infection chez les adultes ayant voyagé sur la côte méditerranéenne espagnole [18]. Les facteurs de risque d'infection à L. pneumophila sont le tabagisme, l'asplénie fonctionnelle ou organique [68]. Contrairement à de nombreux agents pathogènes, l'incidence de la légionellose est plus importante durant les mois d'été et d'automne [18]. Les formes graves représentent en France moins de 5 % des pneumopathies communautaires graves de l'adulte [67]. Mais sont la première cause de pneumopathie communautaire sévère à germe « atypiques » [51].

Pneumopathies d'origine virale

On dénombre plus de 200 virus pouvant être à l'origine d'un processus infectieux intéressant les voies aériennes inférieures [42]. Dans une étude observationnelle sur trois mois d'hiver (janvier à mars) on retrouve par étude sérologique exclusive la présence d'une cause virale à l'infection respiratoire basse dans 57,5 % des cas [65]. Sur l'ensemble de l'année, les virus pourraient représenter 2 à 15 % des cas de pneumopathie aiguë communautaire [24].

Pneumopathies « mixtes »

Dans l'étude de Macfarlane et al. concernant l'ensemble des infections respiratoires basses, on observe une atteinte polymicrobienne dans 24,85 % des cas documentés [3]. Dans cette étude S. pneumoniae, H. influenzae, M. catarrhalis sont présent dans 47,4 % des cas ; M. pneumoniae, C. pneumoniae dans 43,3 % et les virus (M. influenzae, VRS, adénovirus, coronavirus, rhinovirus) dans 35.3 % [3]. C. pneumoniae et M. pneumoniae pourraient également être séparément associés à S. pneumoniae dans d'autres épisodes de pneumopathies mixtes, dans 4 % des cas [64].

Microbiologie des pneumopathies communautaires en fonction de la gravité et de l'environnement de prise en charge

pneumopathies communautaires traitées en ville

On observe le plus souvent 40 à 50 % de pneumopathie sans agent identifiable [15]. S. pneumoniae est l'agent pathogène le plus fréquemment retrouvé dans ce contexte [15], [16], [24], [47], [61], représentant environ 5,2 à 25 % [4], [9], [16], [37], [48], [54], [60], [63], [65], [69], [70] et jusqu'à 40 % des agents infectieux [13], [19], [71], [72]. M. pneumoniae est souvent retrouvé, en particulier en association avec S. pneumoniae [25]. M. pneumoniae pourrait être l'agent pathogène le plus fréquent des épisodes de pneumopathies communautaires de l'adulte immunocompétent ne nécessitant pas l'hospitalisation [11], [40], [63]. C. pneumoniae représente environ 0 à 16 % des agents infectieux [4], [15], [19], [37], [48], [63], [66], [72]. Cette répartition est bien évidemment variable en fonction du terrain, de la période de l'année et de la gravité du patient.

H. Influenzae représente environ 10 à 12 % des agents infectieux [4], [13], [40], [72], L. pneumophila 1 à 14 % [4], [15], [16], [37], [40], [63], [66], [68]. L'implication des entérobactéries dans les pneumopathies communautaires tout-venant reste à déterminer, en revanche, leur responsabilité dans les infections des patients bronchopathes chroniques est certaine [12].

Les pneumopathies d'origine virale sont plus rares chez l'adulte que chez l'enfant [42], les agents les plus souvent retrouvés sont M. influenzae A et B [63], para-influenzae, virus respiratoire syncytial (VRS) [73], [74] rhinovirus et adénovirus [12] voire métapneumovirus [75].

L'incidence des infections respiratoires basses polymicrobienne est de 2 à 10 % [14], [37], [48], [70].

Pneumopathies communautaires prises en charge en hospitalisation

S. pneumoniae est l'agent pathogène le plus souvent mis en évidence [9], [40], [60], [70], [76]. M. pneumoniae pourrait être le deuxième germe le plus fréquent dans cette affections [9], [40], [76], [77]. Viennent ensuite H. influenzae [10] et S. aureus, ainsi que les entérobactéries puis L. pneumophila, M. pneumoniae, C. pneumoniae et les agents viraux. Les entérobactéries sont plus fréquemment retrouvées chez les patients à comorbidité, en particulier une BPCO, de défaillance cardiovasculaire chroniques ou de multiples comorbidités et en cas de traitement antibiotique récent [12] ou encore certaines immunodépressions [15], [78]. Si leur fréquence est notable chez les sujets hospitalisés en soins intensifs, elle est en revanche moindre chez les patients hospitalisés en salle [40].

Pneumopathies communautaires prises en charge en unités de soins intensifs

Les agents pathogènes les plus souvent mis en évidence sont le S. pneumoniae, H. influenzae, L. pneumophila et S. aureus [9], [10], [12], [15], [35], [49], [68], [79], [80], [81]. Les germes atypiques (C. pneumoniae, M. pneumoniae) pourraient également être responsables de pneumopathies graves conduisant en réanimation [15], [49], [81], [82], mais représenteraient moins de 2 % des cas [9]. L. pneumophila représente ici environ 8 % des pneumopathies communautaires hospitalisées [68].

Facteurs de risque de survenue d'une infection respiratoire basse chez l'adulte immunocompétent (Tableau 2)

Les facteurs de risque de survenue d'une infection respiratoire basse et en particulier d'une pneumopathie, le plus souvent rencontrés sont la présence d'une insuffisance rénale, hépatique ou cardiaque chronique, le diabète, l'asplénisme, la dénutrition, l'alcoolisme chronique et la notion de bronchopathie chronique [2], [23], [40], [83]. Le tabagisme actif est également un facteur favorisant la survenue d'une pneumopathie communautaire [40], [84] .

Âge

Le taux d'attaque de la pneumonie sont plus élevés aux âges extrêmes de la vie [40] . L'augmentation du risque de pneumonie augmente tous les ans après 50 ans et cette croissance est de 20 cas pour 1000 habitants par an au-delà de 60 ans [40].

Alcoolisme chronique

Il favorise la survenue de pneumopathies à S. pneumoniae ainsi que les formes bactériémiques de ces pneumopathies. On retrouve également une plus grande fréquence des infections à germes anaérobies, de pneumopathies polymicrobiennes de pneumopathies d'inhalation [50] et de Legionella [85] ou d'entérobactéries.

Le diabète serait associé à une plus grande fréquence de pneumopathies à pneumocoques bactériémiques [11] .

Les hépatopathies chronique et l'alcoolisation chronique seraient des facteurs de risque de survenue d'une bactériémie, le plus souvent mais non exclusivement à S. pneumoniae [86] .

La prise chronique d'antiacides pourrait favoriser la survenue d'une pneumopathie communautaire [87] [88] .

Facteurs de risque d'infection respiratoire basse à S. pneumoniae :

Elle est favorisée par l'asplénisme vrai ou fonctionnel (présent en particulier chez les personnes âgées) [26], la cirrhose, un déficit de l'immunité humoral inné ou acquis, les patients radiothérapés) mais également chez les bronchopathes chroniques voir les patients infectés par le virus de l'Immunodéficience Humaine (VIH) [14].

Facteurs de risque d'infection respiratoire basse à germes « atypiques » :

Dans l'étude de Marrie et al. [89] les facteurs de risques associés à la survenue d'une pneumopathie à C. pneumoniae sont la présence d'un index de masse corporelle élevé, le fait de ne pas être caucasien et la présence d'un tabagisme actif et l'alcool [10]. En revanche, Chlamydiae psittaci est clairement liée à l'exposition aux oiseaux de la familles des Psittaci [14].

L. pneumophila est plus fréquemment rencontrée chez les patients fumeurs, bronchopathes chroniques, insuffisants rénaux, ou transplantés [14], [40]. L'alcoolisme [26], la présence d'une hémopathie, d'un diabète ou d'un cancer ainsi que l'infection par le VIH au stade sida seraient également étroitement associées au risque de survenue d'une légionellose [40]. Le facteur favorisant essentiel est l'exposition à une eau (canalisations) contaminée [90] .

Facteurs de risque d'infection respiratoire basse à bacilles à Gram négatif :

Les facteurs de risque de pneumopathie communautaire à bacilles à Gram négatif pourraient être la notion d'hospitalisation ou d'antibiothérapie dans les 30 jours précédant l'épisode actuel, la présence d'une comorbidité pulmonaire ou la notion de possible inhalation [91].

Facteurs de risque d'infection respiratoire basse à germes anaérobies :

Les germes anaérobies seront plus volontiers retrouvés chez les patients alcooliques et chez ceux ayant une mauvaise hygiène buccodentaire [14].

Facteurs de risque d'infection respiratoire basse d'origine virale :

Les pneumopathies virales chez l'adulte sont rares. Dans 75 % des cas environ on retrouve une affections cardiaque ou pulmonaire chronique ou chez les sujets âgés [42]. Les infections à VRS seraient, au moins chez les sujets âgés de plus de 65 ans, plus fréquentes chez les patients souffrant de BPCO, d'asthme ou d'insuffisance cardiaque [74].

Examens complémentaires dans la prise en charge diagnostique et thérapeutiques des infections respiratoires basses de l'adulte immunocompétent

Les examens complémentaires dans la prise en charge des infections respiratoires basses communautaires du patient immunocompétent vont avoir pour objet de confirmer le diagnostic de processus inflammatoire, de préciser la présence d'un agent microbiologique à l'origine de cette réponse inflammatoire et de préciser la localisation bronchique ou parenchymateuse de l'infection respiratoire.

Ces examens vont secondairement participer à l'évaluation de la gravité de l'affection respiratoire [10]. Par ailleurs, un complément de bilan pourra être réaliser afin d'évaluer le retentissement de l'infection sur les comorbidités du patient.

Cliché thoracique

Si le diagnostic de pneumopathie est suspecté, un cliché thoracique devra être réalisé, afin de préciser l'état du parenchyme sous-jacent mais surtout d'objectiver la présence d'une opacité d'apparition récente [4], [11], [12], [14], [34], [72]. Il permet de confirmer la présence d'une pneumopathie, de préciser le type d'atteinte parenchymateuse dont est victime le patient et de préciser l'étendue et la gravité des lésions pulmonaires [2], [47] en vue de sa prise en charge ultérieure en ville ou en hospitalisation [28], [83], [92], [93], [94] . Enfin le cliché thoracique permettra éventuellement de préciser l'état du parenchyme pulmonaire sous-jacent, ou encore d'orienter vers un diagnostic différentiel [2], [8], [21], [95] . Certaines sociétés savantes préconisent même la réalisation du cliché d'emblée pour les patients traités en ville, excepté pour les patients sans comorbidité, ni facteur de risque particulier [83].

Cliché thoracique dans la prise en charge diagnostique

Pour de nombreux auteurs, le cliché thoracique est un élément indispensable de la prise en charge diagnostique des infections respiratoires basses de l'adulte immunocompétent [1], [9], [10], [20], [21], [83], [84]. Cette nécessité s'explique par la faible sensibilité et spécificité de l'examen clinique tant concernant l'interrogatoire que l'examen physique du thorax proprement dit [9], [25]. Cependant, l'intérêt du cliché thoracique dans le diagnostic étiologique de la pneumopathie est discutable [96]. Le cliché thoracique peut être normal malgré la présence d'une pneumopathie vraie [1], [25], du fait d'un retard par rapport à la symptomatologie clinique [2]. De plus, chez les personnes âgées ou chez les patients ayant des comorbidités, le foyer infectieux peux ne pas être évident sur le cliché thoracique jusque dans 30 % des cas [36].

Cliché thoracique dans le pronostique et la prise en charge thérapeutique

Dans leur étude sur les conséquences de la réalisation d'un cliché thoracique dans un contexte de suspicion de pneumopathie, Simpson et al. [97] retrouvent une modification de la prise en charge thérapeutique avec en particulier introduction d'un traitement antibiotique, décision d'hospitalisation ou d'une surveillance rapprochée. À l'inverse, Basi et al. [95] étudiant prospectivement les patients hospitalisés pour une suspicion de pneumopathie ne retrouve pas de différence ni en termes de mortalité, ni en termes de fréquence de la positivité des prélèvements microbiologiques entre les patients ayant une pneumopathie confirmée et ceux ayant un cliché thoracique normal à l'arrivée.

Scanner thoracique

Le scanner thoracique pourra permettre de découvrir les images parenchymateuses éventuellement non visibles sur le cliché thoracique standard [1], [98], [99]. Il faciliterait la mise en évidence d'un diagnostic différentiel. Ces éléments ne permettent pas de le recommander à ce jour dans le diagnostic de la pneumopathie communautaire du patient immunocompétent, mais il trouve progressivement sa place dans celle des patients immunodéprimés [98].

Nous proposons donc :

la réalisation d'un cliché thoracique systématique pour les patients se présentant au service des urgences ainsi que pour tous les patients hospitalisés.  ;

la réalisation d'un cliché thoracique en cas de tableau de surinfection de BPCO, soit immédiatement en cas de présence d'arguments en faveur d'une pneumopathie (début brutal, foyer de râles crépitants) soit à la 48–72e heure en cas de persistance d'une fièvre élevée ou d'absence d'amélioration du tableau respiratoire.  ;

la réalisation d'un cliché thoracique en absence de nécessité d'hospitalisation chez les patients ayant des comorbidités et/ou en cas d'absence d'amélioration dans les 48 à 72 heures pour les patients traités en ville  ;

le cliché thoracique ne semble pas indispensable chez les patients fortement suspect de pneumopathie n'ayant pas de comorbidité et dont l'évolution est rapidement favorable après une prise en charge initiale en ville  ;

L'intérêt du scanner thoracique sera à discuter au cas par cas, en cas de forte suspicion non confirmée par le cliché thoracique, en particulier si le germe suspecté est un agent connu pour ne pas donner de signe radiologique majeur et lorsqu'une comorbidité (tumeur bronchique) ou une complication (abcès, empyème) sont évoqués.

Examens biologiques dans la prise en charge diagnostique et thérapeutique

L'intérêt de la réalisation d'examens microbiologiques en ville pour les épisodes de bronchite aiguë du sujet sain n'a été que peu étudié mais semble quasi nul. Pour ce qui est des surinfections de bronchopathies chroniques, le problème se pose selon deux angles : celui du diagnostic et celui du retentissement de la maladie aiguë sur l'affection chronique. Aucun seuil n'est clairement défini permettant de faire la part de ce qui revient au phénomène chronique dans les décompensations aiguës de BPCO [100], [101] .

Concernant la pneumopathie aiguë, l'intérêt des examens biologiques est sensiblement identique, avec d'une part l'intérêt de leur réalisation dans le cadre du diagnostic de certitude [1], [4], [102], [103] et d'autre part dans la mesure du retentissement général de l'affection. Aucune étude à ce jour n'a clairement mis en évidence les examens biologiques indispensables lors de la prise en charge des pneumopathies aiguës communautaires [40]. Ces examens sont souvent préconisés par les auteurs pour les patients consultant à l'hôpital ou chez les sujets ayant des comorbidités ou des symptômes de retentissement de leur infection sur d'autres fonctions viscérales pouvant faire évoquer la nécessité d'une hospitalisation pour un épisode de pneumopathie communautaire [1], [11], [15], [16], [23], [26], [34], [40], [72]. En ville, ils sont réalisés en moyenne entre 8 et 27 % des cas de pneumopathie [4].

Les examens généralement préconisés sont les gaz du sang à visée d'étude du retentissement respiratoire [15], [104] , les fonctions rénale et hépatique, la glycémie et la numération de la formule sanguine. Sont parfois réalisés la CRP [11] ou des marqueurs de la coagulation [26]. Parmi les examens biologiques associés à une évolution péjorative, on retrouve la présence d'une hyponatrémie [29], [67], une augmentation de l'urée [29], une hypoxémie [29], une hyperglycémie et une hématocrite inférieure à 30 % [29], le taux de LDH [105], [106] , la leucocytose [1], [45], [50] et la lymphocytose [105], [106] .

L'augmentation de la CRP pourrait permettre de séparer les épisodes de bronchites aiguës des infections parenchymateuses pulmonaires proprement dites [107] . Cette augmentation serait significativement plus fréquente en cas de pneumopathie bactérienne que de pneumopathie d'origine virale [3], [4]. Une élévation particulière de la CRP en cas de pneumopathie à L. pneumophila est notée [108]. Il n'existe pas de différence significative des taux de CRP entre les infections bactériennes et en particulier à S. pneumoniae et les autres germes impliqués dans les épisodes de pneumopathie [108].

La procalcitonine : Mirjam Christ-Crain et al. [109] étudiant prospectivement les variations de la consommation d'antibiotiques en fonction de la procalcitonine dans les infections respiratoires basses retrouve une diminution significative de cette consommation d'antibiotiques sans modification du pronostic des patients.

Nous proposons :

La réalisation d'un bilan biologique dans le cadre :

de l'évaluation du retentissement de l'infection respiratoire basses chez les patients ayant une ou plusieurs comorbidité(s), à visée de recherche d'une décompensation de ces pathologies associée, y compris pour les patients traités en ville  ;

de la prise en charge des patients hospitalisés, dans le même objectif que précédemment, ainsi qu'à visée pronostique  ;

il n'est pas licite de demander un bilan biologique pour un patient ayant un épisode d'infection respiratoire basse sans comorbidité, traité en ville .

Examens microbiologiques dans la prise en charge diagnostique et thérapeutique

Le bénéfice éventuel d'une documentation microbiologique paraît en première approche évident, de part la possibilité qu'offre cette documentation de mieux connaître la flore locorégionale, de permettre un traitement antibiotique adapté, de réduire le spectre des antibiotiques utilisés (et ainsi de limiter les effets de sélection de souches résistantes) [19], [110]. Cette documentation permet également de diminuer la pression de sélection et de diminuer le risque d'effet secondaire inhérent à la prise du traitement antibiotique [40]. Cependant, aucune preuve formelle du bénéfice de cette attitude n'a été obtenue [40]. Pour cette raison, certains préconisent l'absence d'examens microbiologiques pour les patients suspects de pneumopathie pris en charge en ville, du fait du faible bénéfice attendu [18], [111] . La plupart des guidelines internationales ne recommandent pas la documentation microbiologique des infections respiratoires basses en dehors des épisodes conduisant à une hospitalisation.

En revanche, la nécessité de la documentation microbiologique chez les patients hospitalisés en milieu de soins intensifs est plus consensuelle [36], [112] .

En fonction des méthodes diagnostiques mises en places, on retrouve des rendements diagnostiques allant de 15 à 66 % dans la littérature [2], [3], [4], [14], [23], [24], [48], [54], [61], [65], [108], [113], [114]. En France, ce rendement pourrait être d'environ 25 % pour les patients tout-venant [62]. Ce rendement semble un peu supérieur dans les études réalisées en milieu de réanimation [15], [17], [51]. S. pneumoniae pourrait être l'agent causal dans un nombre important de cas de pneumopathies dont les résultats microbiologiques sont négatifs [15].

Certains facteurs semblent associés à une négativité du bilan microbiologique, tels que l'âge (supérieur à 70 ans), la présence d'une défaillance cardiaque ou rénale et la présence d'un infiltrat interstitiel sur le cliché thoracique [114] .

Hémocultures (Tableau 3, Tableau 4)

La sensibilité des hémocultures à détecter l'agent pathogène responsable varies de 0,5 à 27 % en fonction des étude et de la gravité de la pathologie [10], [13], [14], [15], [19], [25], [36], [37], [40], [95], [114], [115], la fréquence de leur positivité étant plus élevée dans le contexte des soins intensifs. La présence d'une bactériémie serait plus fréquente en cas de défaillance hépatique, de défaillance viscérale (hypotension artérielle, tachycardie, anomalie de la thermorégulation), ou d'anomalies biologiques telles que la présence d'une leucopénie inférieure à 5000 éléments par millimètre cube, ou d'une hyperleucocytose supérieure à 20 000, d'une urée supérieure à 11 mmol/l, d'une natrémie inférieure à 130 mmol/l [115] . Le S. pneumoniae pourrait être responsable de 30 [13] à 60 % des hémocultures positives parmi les patients hospitalisés [40]. Les hémocultures pourraient être positives jusque dans 45 % des cas de pneumopathie aiguë à S. pneumoniae [116]. Les autres agents pathogènes pouvant être à l'origine d'une dissémination hématogène sont essentiellement les bacilles à Gram négatif [37] et du S.  aureus [117] .

Nombre de publications préconisent leur réalisation dans la prise en charge des patients hospitalisés pour suspicion de pneumopathie [10], [11], [12], [15], [19], [21], [23], [24], [48], [81], [83], [116], [118], [119]. Cependant, la variabilité de leur rendement et les aléas de prise en compte de leurs résultats font préconiser à certains la réalisation de ces hémocultures uniquement dans le contexte des patients nécessitant une prise en charge en unité de soins intensifs [13], [120]. Leur rendement croît habituellement avec la gravité du patient évaluée par le score de Fine [76], [121] excepté dans quelques études [122].

Le faible retentissement en termes de modification thérapeutique antibiotique est connu [40], [117]. Ainsi, Campbell et al. [122] retrouvent une positivité des hémocultures dans 2,1 % des cas et cela n'aboutira à une modification thérapeutique que dans 0,69 % des cas.

Cependant, avant de décider de supprimer la réalisation des hémocultures dans la prise en charge diagnostique des patients hospitalisés pour une pneumopathie aiguë communautaire, il convient de réaliser une étude permettant de déterminer dans quelles circonstances leur suppression permettrait une économie de santé sans retentissement sur la prise en charge et dans quel contexte éventuel il convient de poursuivre cet examen en vue d'une amélioration de la prise en charge du patient, garante de sa survie [120].

Nous proposons :

La réalisation de deux paires d'hémocultures (flacons aérobie et anaérobie) chez tous les patients hospitalisés .

Il n'est pas licite de réaliser des hémocultures chez les patients pris en charge en ville.

En cas de consultations à l'hôpital, la réalisation d'hémocultures pourra être décidée par le praticien en fonction du terrain et du tableau clinique au cas par cas (Tableau 5 ).

Tableau 5

Intérêt de l'antigénurie Streptococcus pneumoniae dans les épisodes de PAC :articles originaux récents

Article	Technique de l'examen	Technique de référence	Nombre de patients	Sensibilité (%)	Spécificité (%)	Valeur prédictive positive (%)	Valeur prédictive négative (%)
Murdoch 2001 [145]	NOW S. pneumoniae urinary antigen test Binax	HC ou ECBC	420	Avec référence HC : 80	88,3	75,8	77,9
				Avec référence ECBC : 51.8
				Moyenne : 68.75
Michelow 2002[178]	NOW S. pneumoniae urinary antigen test Binax	HC ou ECBC	56 dont 12 exploitables	87.5	75	87,5	75
Butler 2003 [179]	NOW S. pneumoniae urinary antigen test Binax	HC ou ECBC	149	62.5	60,7	37,3	81,3
Dominguez 2003 [180]	NOW S. pneumoniae urinary antigen test Binax	?	15	Avant concentration des urines : 86.6	Avant concentration des urines : 57,5	Avant concentration des urines : 43,3	Avant concentration des urines : 92
				Après concentration des urines : 100	Après concentration des urines : 12,9	Après concentration des urines : 34,1	Après concentration des urines : 100
Guiterrez 2003 [146]	NOW S. pneumoniae urinary antigen test Binax	HC ou ECBC	452	Avec référence HC : 76.9	89.7	54.3	89.7
				Avec référence ECBC : 64.3
				Moyenne : 70.3
Marcos 2003 [147]	NOW S. pneumoniae urinary antigen test Binax	HC ou ECBC	397	Avec référence HC : 100	81.9	63.5	93.4
				Avec référence prélèvement invasif :100
				Avec référence ECBC : 69.2
				Moyenne : 84.4
Smith 2003 [181]	NOW S. pneumoniae urinary antigen test Binax	HC	107	82,2	97,1	80	91,9
Honoré 2004 [182]	NOW S. pneumoniae urinary antigen test Binax	HC ou ECBC	158 dont 13 Streptococcus pneumoniae	53,8	93,1	41,2	95,7
Roson 2004 [183]	NOW S. pneumoniae urinary antigen test Binax	HC ou ECBC	220 dont 41 Streptococcus pneumoniae et 67 diagnostiques biologiques définitifs	65,8	95	96,4	57,5
Stralin 2004 [184]	NOW S. pneumoniae urinary antigen test Binax ET sérotype specific latex agglutination	HC ou ECBC	215	Latex Agglutination : -référence HC:54.1 -référence ECBC :14.7	100	Latex :100	Latex : 75
				NOW : -référence HC : 54.1 -référence ECBC : 26.4		Now :100	Now : 72,9

Examen cytobactériologique des crachats (ECBC)

L'examen cytobactériologique des crachats est le prélèvement microbiologique régional le moins invasif. L'association d'un tableau clinique, radiologique et la positivité d'un ECBC de bonne qualité pourraient être suffisants pour affirmer le diagnostic de pneumopathie au germe retrouvé [16]. La pertinence des résultats va dépendre de la qualité du prélèvement déterminée par la présence d'au moins 25 polynucléaires neutrophiles par champ et par la faible quantité de cellules épithéliales (moins de dix cellules par champ) confirmant le caractère distal du prélèvement [123] . Un agent pathogène retrouvé pourra être considéré comme causal s'il est présent en flore pure ou en quantité suffisante (plus de 107 colonies formant unité par millilitre) [45]. Cependant, cela n'est pas vrai pour les patients BPCO, chez lesquels la présence d'un agent pathogène n'est pas toujours le reflet d'une atteinte bactérienne aiguë [2].

L'intérêt de l'ECBC diminue dramatiquement en cas de prise préalable d'antibiotiques [16], [124], [125] .

Un ECBC peut être obtenu chez 24 à 81 % des patients [36], [40], [112] et son rendement est d'environ 33 % [36], [81], [95], mais peut aller bien au-delà dans certaines études [40], [63]. Les résultats de l'ECBC vont pouvoir être exploités à deux niveau : l'examen direct permet d'objectiver la présence de bactéries et d'orienter ainsi le traitement antibiotique [47] ; l'étude de la culture permet de définir précisément l'agent pathogène ainsi que son profil de sensibilité.

L'intérêt de l'ECBC pour les patients pris en charge en ville pour une pneumopathie communautaire est débattue [16], [19], [23], [26], [46], [72], [83], [110], [111], [126] et sa réalisation varie de 3 à 12 % des patients en fonctions des pays [4]. Elle pourrait être réalisée en cas d'âge supérieur à 65 ans, de comorbidité, de notion d'hospitalisation dans l'année précédente ou d'antibiothérapie récente [26]. La sensibilité et la spécificité sont variables en fonction de l'agent pathogène en cause avec une sensibilité de 90 % pour S. pneumoniae, diminuant à 58 % pour H. influenzae [40]. Le retentissement en termes de modification de l'antibiothérapie de la réalisation d'un ECBC serait inférieure à 3 % en ville [4], [111] . L'intérêt de la réalisation d'un ECBC pourrait prédominer en cas d'échec d'une première ligne probabiliste d'antibiothérapie [11], [24], [127].

De nombreux auteurs préconisent la réalisation de l'ECBC dans la prise en charge initiale des patients consultant à l'hôpital pour suspicion de pneumopathie communautaire [15], [21], [118], [128] même si son intérêt n'apparaît pas toujours évident [124], [129] . Parmi les patients consultant aux urgences pour pneumopathie, Garcia-Vazquez et al. [130] retrouvent l'obtention d'un ECBC dans 59 % des cas, cet examen étant considéré de bonne qualité dans 54 % des cas. Un germe prédominant sera mis en évidence dans 14,4 % des cas. L'étude du rendement diagnostic en fonction de la gravité des patients ne retrouve pas de groupe où l'usage de l'ECBC soit plus intéressant. Plus récemment, Van der Eerden et al. ont observé une augmentation du rendement de l'ECBC de 27 % en cas de recherche d'antigène capsulaire de S. pneumoniae dans le crachat. La recherche d'antigènes capsulaires de S. pneumoniae dans les crachats pourrait être particulièrement intéressante en cas d'antibiothérapie préalable [131].

La nécessité de documentation de l'infection chez les patients hospitalisés dans les unités de soins intensifs et de réanimation [11], [13], [36] motive la réalisation de l'ECBC lorsque les conditions de faisabilité sont réunies. Cependant, la sensibilité et la spécificité de cet examen rendent sa réalisation discutable [13], [19], [45], [51], [67], [132].

Nous proposons :

La réalisation d'un ECBC en cas de toux productive chez les patients nécessitant l'hospitalisation, s'il existe un facteur de risque de germe résistant (prise d'antibiothérapie récente, hospitalisation dans l'année précédente) ou une comorbidité (bronchopathie chronique, insuffisance rénale, cardiaque, alcoolisme chronique, hépatopathie chronique) et chez les patients de plus de 65 ans .

La réalisation d'un ECBC en cas de suspicion d'infection par Mycobacterium tuberculosis, Legionella spp, ou un champignon endémique (rare en France) .

La réalisation d'un ECBC en cas de pneumopathie nécessitant l'hospitalisation en unité de soins intensifs .

Les données actuelles de la littérature ne nous permettent pas de proposer la réalisation d'un ECBC pour les patients sans comorbidité ni facteur de risque de germe résistant à l'antibiothérapie probabiliste qui sera mise en place, et qui seront pris en charge en ville ou en salle d'hospitalisation .

Aspiration trachéale

Les indications de l'aspiration trachéale sont superposables à celles de l'ECBC chez les patients intubés [36] .

Prélèvements invasifs : la ponction pleurale

La pneumopathie aiguë communautaire est associée à la présence d'un épanchement pleural dans 36 à 57 % des pneumopathies [40]. La réalisation d'une ponction pleurale devra être réalisée [13], [45], [133] en cas de présence d'un épanchement pleural de plus de 1 cm sur le cliché de face en décubitus latéral [15], [16], [134] .

Nous proposons :

La réalisation d'une ponction pleurale en cas de présence d'un épanchement pleural accompagnant la présence d'une pneumopathie, pour tout épanchement accessible à la ponction, c'est-à-dire faisant plus de 1 cm sur le cliché de face en décubitus latéral du côté pathologique. Cet examen sera réalisé à visée :

diagnostique, la présence d'un agent pathogène dans ce contexte évocateur permettant d'affirmer la présence d'une pneumopathie infectieuse au germe ici retrouvé  ;

thérapeutique, la présence d'un agent pathogène dans la cavité pleurale constituant une indication à la mise en place d'un drainage pleural .

Prélèvements invasifs : la fibroscopie bronchique avec réalisation d'une brosse protégée et/ou d'un lavage alvéolaire chez les patients hospitalisés en unités de soins intensifs

En unité de soins intensifs, le rendement diagnostic serait d'environ 25 % pour le lavage bronchoalvéolaire et de 21 % pour la brosse protégée [112] . La réalisation d'une fibroscopie bronchique peut être proposée en unité de soins intensifs en cas d'absence de documentation non invasive disponible [11], [13], [15], [26], [110], [135], [136], ou en cas d'absence d'amélioration 48 à 72 heures après le début du traitement antibiotique [10], [14], [36], [40], [118].

Nous proposons :

La réalisation d'une fibroscopie bronchique devra permettre la réalisation d'un lavage alvéolaire et ou d'un prélèvement distal protégé.

La fibroscopie bronchique sera indiquée :

en cas d'impossibilité d'obtenir un diagnostic microbiologique par les méthodes non invasives chez un patient ayant une pneumopathie sévère motivant la prise en charge en unité de soins intensifs  ;

en cas de suspicion de présence d'un corps étranger ou de pneumopathie sur obstacle ;

en cas de suspicion d'immunodépression .

Sérologies

Les sérologies sont souvent recommandées par les sociétés savantes dans le diagnostic des pneumopathies aiguës communautaires nécessitant l'hospitalisation [36], [127] (Tableau 5). La décision de réalisation des sérologies peut être limitée à la présence d'une forme grave de pneumopathie [11], [12], [118], à la notion d'évolution depuis plus d'une semaine, d'absence d'évolution malgré un traitement antibiotique initial par bêtalactamines bien conduit [11], [127], [137]. Les sérologies des germes atypiques et des virus sont recommandées par la BTS pour tous les patients hospitalisés, en cas d'épidémie, à visée de santé publique [11]. Dans d'autre cas il est recommandé de réaliser des sérologies en cas de nécessité d'hospitalisation chez un patient ayant une ou plusieurs comorbidités [118]. On observe dans les études des rendements d'environ 50 % [81] d'obtention des paires de sérologies. De plus, le diagnostic sérologique sera toujours rétrospectif [13], [15], [16], [24], [40], [45], [116], [138], limitant leur intérêt aux études épidémiologiques essentiellement.

Nous proposons :

la réalisation de sérologie concernant les germes « atypiques » en cas de nécessité d'hospitalisation, non pas à visée diagnostique mais uniquement dans le cadre d'études épidémiologiques  ;

la réalisation d'une seule sérologie pour un agent pathogène donné n'est pas licite du fait de l'absence d'argument suffisant permettant d'interpréter les résultats dans ce cas  ;

il n'y a pas à ce jour d'intérêt démontré de la recherche par sérologie de germes « typiques » (S. pneumoniae, H.  influenzae, S. aureus, entérobactéries) dans le diagnostic étiologique des infections respiratoires basses de l'adulte .

Recherche d'antigène(s) bactériens dans les urines

Il existe au jour d'aujourd'hui deux antigènes détectables dans les urines : l'antigène capsulaire polysaccharidique de S. pneumoniae et l'antigène de L. pneumophila sérogroupe 1 (qui représente plus de 80 % des cas de légionellose en France) [67].

La recherche de l'antigène de L. pneumophila de sérotype 1 est recommandé par plusieurs sociétés savantes [11], [14], [15], [26], [40] et de nombreux auteurs [13], [16], [19], [139], du fait de sa grande spécificité (90 à 100 % environ) et de sa sensibilité de l'ordre de 70 à 90 % [11], [19], [36], [40], [45], [67], [72], [132], [140], [141]. L'antigène est présent dès la 48e heure après les premiers signes cliniques [67], [132], [142] et peut rester positive longtemps après la fin de l'affection [67], [132], [143] .

La recherche d'un antigène de S. pneumoniae a été tentée dans les crachats, dans les urines, le sérum et le liquide pleural [11], [46], [80], [116], [144]. Il existerait une corrélation entre la positivité de l'antigénurie et la gravité de l'infection à S. pneumoniae [11].

Sa recherche n'est pas systématiquement recommandée par la British Thoracic Society, du fait du coût de cette technique et de sa faible sensibilité [127], mais elle est autorisée en fonction de sa disponibilité en cas de pneumopathie communautaire sévère [11]. D'autres recommandations préconisent la réalisation de cette antigénurie au cas par cas, en cas d'absence de diagnostic [36]. L'IDSA propose ce test en complément de la réalisation d'un ECBC et d'hémocultures [40], [138].

Si ces méthodes semblaient efficaces [23], elles sont en revanche peu spécifiques [11], [145], [146], [147] . L'antigénurie seule semble insuffisante pour justifier une modification de l'antibiothérapie mise en place [13].

Nous proposons :

la réalisation d'une antigénurie à légionelle (pour le sérotype 1) :

chez les patients hospitalisés pour un tableau de pneumopathie communautaire, n'ayant pas fait la preuve de son origine microbiologique  ;

chez les patients nécessitant la prise en charge dans une unité de soins intensifs  ;

chez les patients pris en charge en ville mais suspects de pneumopathie à Legionella  ;

la réalisation d'une antigénurie à pneumocoque :

chez les patients nécessitant une hospitalisation en unité de soins intensifs  ;

chez les patients hospitalisés en salle pour un épisode de pneumopathie communautaire sévère, pour lequel une documentation bactérienne n'a pas été obtenue par des techniques non invasives .

D'autres techniques semblent attrayantes et les résultats préliminaires sont très intéressants, cependant, la littérature les concernant disponible à ce jour n'est pas assez vaste pour nous amener à préconiser de telles méthodes à visée diagnostique pour l'instant .

Recherche d'un agent pathogène viral

La recherche des virus respiratoires peut se faire soit par recherche d'anticorps circulants dirigés contre certains antigènes spécifiques de l'agent viral [12], [42], [72], [148] , soit par recherche directe d'antigènes viraux. Le caractère rétrospectif du diagnostic sérologique et la nécessité de deux sérums distincts rend cette recherche peu intéressante en dehors d'études épidémiologiques. La recherche de virus par des techniques de PCR (polymerase chain reaction) est actuellement disponible, leur intérêt en pratique clinique reste à définir mais elles ont déjà un intérêt certain dans les études épidémiologiques [149] .

Il existe également trois méthodes de détection du SARS-CoV [13].

Nous proposons :

la recherche de SARS-CoV par la technique localement disponible devant toute suspicion de syndrome respiratoire aigu sévère devant un contexte anamnestique et clinique évocateur.  ;

la recherche de virus (en particulier de la grippe) par les méthodes disponibles uniquement à visée d'études épidémiologiques chez les patients adultes immunocompétents.

Cas particulier de la personne âgée

Si la prise en charge diagnostique et thérapeutique sont sensiblement identiques quelles que soient les caractéristiques démographiques des patients, il convient tout de même de souligner les particularité liées à l'âge des patients. La première de ces difficultés est de définir la personne âgée. Aucune définition claire n'est disponible dans la littérature, les différents auteurs utilisant le plus souvent comme cut-off 65 ou 75 ans.

Nous proposons : les infections respiratoires basses du sujet âgé comprendront tous les épisodes survenant au-delà de 65 ans (.

Particularité épidémiologiques

L'incidence de la pneumopathie communautaire est plus élevée chez les personnes âgées. Ainsi, Kaplan et al. retrouvent une incidence d'hospitalisation pour pneumopathie communautaire de 18,3 à 40 ‰ en moyenne parmi les sujets de plus de 65 ans [150], [151], [152]. Cette incidence est en fait de 8,4 ‰ pour les patients de 65 à 69 ans alors qu'elle est de 48,5 ‰ pour les plus de 90 ans [153].

La notion de troubles de la déglutition, d'accident ischémique constitué ou hémorragique cérébral, de démence, ou d'anomalie du réflexe de toux [152], [154], devront faire suspecter une pneumopathie d'inhalation. Les traitements sédatifs risquent à la fois d'aggraver les troubles de la déglutition et les anomalies du réflexe de toux [154]. Par ailleurs, du fait de l'âge, les comorbidités sont plus fréquentes [153], [155]. Les facteurs socioéconomiques ont également un rôle majeur dans le risque de survenue de pneumopathie aiguë chez les sujets âgés [155]. Cette association pourrait être partiellement liée à l'augmentation du risque de colonisation des voies aériennes supérieures ainsi qu'à une altération nutritionnelle [155]. Un faible taux d'albumine est associé au risque de pneumopathie chez les sujets âgés [155].

La mortalité globale dans cette tranche d'âge serait d'environ 10 % [152], [153], [156]. Elle augmenterai avec l'âge, la notion de comorbidités, la malnutrition [150]. Les facteurs associées à cette mortalité seraient l'altération des fonctions supérieures à l'admission, la présence d'un état de choc, la défaillance respiratoire ou rénale et l'infection par un bacille à Gram négatif [157].

Particularités microbiologiques

La documentation microbiologique est souvent plus difficile chez les personnes âgées, [154]. Une documentation est disponible dans 30 à 40 % des cas [156]. Les causes d'infections respiratoires basses non pneumoniques sont dominées par les infections virales [158] . Une bactérie est mise en évidence dans 20 % des cas. Les études épidémiologiques retrouvent en général une persistance de S. pneumoniae comme agent principal des épisodes de pneumopathie [150], [151], [152], [157] et une augmentation de l'incidence d'H. influenza [150]. L'augmentation de la prévalence des bactéries à Gram négatif et de S. aureus [150], [154], [156]. L. pneumophila aurait une incidence très variable en fonction des localisations géographiques, de 1,8 à 24 % des épisodes [150].

Les agents infectieux les plus souvent retrouvés dans les infections respiratoires basses communautaires non pneumoniques ayant motivé l'hospitalisation sont les virus dans 39 % des cas, S. pneumoniae dans 20 % des cas les germes atypiques étant un peu moins fréquents [158] . Chlamydia spp. pourrait cependant représenter jusqu'à 26 % des cas de pneumopathies [69], [159]. Les pneumopathies motivant l'hospitalisation en réanimation dans ce contexte semblent être essentiellement le fait de S. pneumoniae, des entérobactéries et de P. aeruginosa [160].

Particularités cliniques, biologiques et radiologiques

Le tableau clinique chez les sujets âgés est souvent frustre. La toux est souvent présente, parfois isolée, le patient ne se plaignant pas de dyspnée ni de douleur [161]. La fièvre est souvent absente [161] en particulier chez les sujets très âgés [157]. Les symptômes et signes extrarespiratoires [151], [160] sont fréquents. L'examen physique est souvent identique à celui des sujets plus jeunes.

L'hyperleucocytose peut être absente [161], la CRP semble plus sensible chez les personnes âgées, conduisant certains auteurs à prétendre que l'on peut virtuellement éliminer une pneumopathie en cas de normalité de la CRP [150]. L'hypercapnie est fréquente [150].

L'image thoracique pathologique est souvent présente [150], [161] et sa sémiologie est semblable à celle des sujets plus jeunes.

Tableau 2

Agent pathogène rencontré en fonction des facteurs favorisants

Facteurs de risques	Agents pathogènes	Références
Âge (supérieur à 65 ans)	Virus à tropisme respiratoires Staphylococcus aureus Pseudomonas aeruginosa Hemophilus influenzae Streptococcus pneumoniae Chlamydiae pneumoniae Mycoplasma pneumoniae	[11], [12], [16], [26], [150], [151], [152], [153], [154], [157], [158], [160]
Tabac	Streptococcus pneumoniae Hemophilus influenzae Legionella pneumophila Chlamydiae pneumoniae	[1], [9], [10], [14], [15], [16], [17], [19], [40], [89], [162]
BPCO	Streptococcus pneumoniae (En particulier les formes bactériémiques) Hemophilus influenzae Moraxella catarrhalis Staphylococcus aureus Entérobactéries Pseudomonas aeruginosa Legionella pneumophila Virus	[1], [9], [10], [11], [12], [14], [15], [16], [17], [19], [24], [25], [26], [40], [41], [53], [54], [57], [58], [59], [91], [127], [162], [163], [164]
Alcoolisme	Streptococcus pneumoniae (En particulier les formes bactériémiques) anaérobies Staphylococcus aureus Chlamydiae pneumoniae Entérobactéries, Klebsiella pneumoniae Legionella pneumophila Mycobacterium tuberculosis	[1], [9], [10], [11], [12], [14], [15], [16], [17], [19], [24], [26], [40], [50], [85], [86], [127], [162]
Hépatopathie chronique (en particulier responsable d'un asplénisme fonctionnel)	Streptococcus pneumoniae Staphylococcus aureus Hemophilus influenzae Entérobactéries	[1], [9], [10], [26], [68], [86]
Diabète	Streptococcus pneumoniae Staphylococcus aureus Hemophilus influenzae Entérobactéries	[11], [24], [26], [40], [127]
Atteinte neurologique centrale	Streptococcus pneumoniae Staphylococcus aureus Hemophilus influenzae Entérobactéries	[26], [72]
Inhalations	Germes commensaux de la sphère ORL, Anaérobies, Streptococcus spp. Entérobactéries Staphylococcus aureus	[25], [26], [85]
État dentaire	Anaérobies	[14], [19], [162]
Toxicomanie intraveineuse	Staphylococcus aureus Anaérobies Streptococcus pneumoniae Mycobacterium tuberculosis	[14], [40]
Insuffisance rénale chronique	Streptococcus pneumoniae Staphylococcus aureus Hemophilus influenzae Entérobactéries	[26]

Tableau 3

Intérêt des hémocultures dans les épisodes de PAC : revues récentes

Référence	Types de patients	Fréquence de positivité (%)
Bartlett [34]	PAC	11
Salo [116]	Infections à Streptococcus pneumoniae	10 à 45
Mandell [40]	PAC hospitalisées	8 à 11
Marrie [152]	PAC	6 à 10
Reimer [23]	PAC	10 à 30
Leroy [165]	Réanimation	10 à 25
Watever [132]	PAC	0 à 6
Baudouin [166]	PAC	4 à 18
Johnson [72]	PAC hospitalisées	10
McKean [127]	PAC	Inférieure ou égale à 25
File [19]	PAC	11
Cohen [36]	PAC	20

PAC : pneumopathie aiguë communautaire.

Tableau 4

Intérêt des hémocultures dans les épisodes de PAC : études originales

Référence	Types de patients	Fréquence de positivité (%)	Pourcentage d'hémocultures positives dans les pneumopathies à Streptococcus pneumoniae
Luna 2000 [81]	SAU	10 %	25,7 %
Roson 2000 [124]	Hospitalisés	46/517 (8,9 %)	34 %
Bochud 2001 [48]	Hospitalisés	6/184 (3,3 %)	17,6 %
Falguera 2001 [167]	Stade I à III de Fine	13/238 (5,4 %)	15,9 %
Theerthakarai 2001 [111]	Hospitalisés	0/74	0
Watever 2001 [168]	PAC	29/209 (13,9 %)	–
Ewig 2002 [129]	Hospitalisés	31/122 (25,4 %)	44,7 %
Beovic 2003 [169]	Peu graves	1/116 (< 1 %)	1 Streptococcus pneumoniae
Campbell 2003 [122]	Hospitalisés	43/760 (5,6 %)	–
Campbell 2003 [170]	SAU	6/289 (2,1 %)	–
Haas 2003 [171]	SAU	3070/54874 (5,6 %)	–
Rello 2003 [112]	Réanimation	40/189 (21,1 %)	65,8 %
Zalacain 2003 [156]	Hospitalisés	79/486 (16,6 %)	70,9 %
Basi 2004 [95]	SAU	135/1817 (7,4 %)	–
Corbo 2004 [172]	SAU	70/355 (19,7 %)	–
File 2004 [173]	SAU	12/633 (1,9 %)	8,6 %
Garcia-Vasquez 2004 [130]	SAU	133/1669 (7,9 %)	45,8 %
Metersky 2004 [115]	Hospitalisés	1840/25814 (7,1 %)	–
Rozon 2004 [174]	Hospitalisés	128/1335 (9,6 %)	–
Tellier 2004 [175]	SAU	30/559 (5,4 %)	22,6 %
Carratala 2005 [176]	SAU	4/203 (1,9 %)	7,9 %
Elliott 2005 [177]	Hospitalisés (9 % en réanimation)	18/132 (13,6 %)	60 %
Howard 2005 [63]	Que Streptococcus pneumoniae	–	43 %
Sin 2005	Hospitalisés	125/2171 (6 %)	–
Van Der Eerden 2005 [133]	Hospitalisés	40/254 (15,7 %)	30,9 %

SAU : patients ayants consultés aux urgences, sans préjuger de leur orientation ultérieure.