Introduction

Il n’est pas possible de parler du virus SRAS-CoV-2 sans reconnaître que cette pandémie a ouvert la voie à de nombreuses découvertes. En raison de la concurrence entre les institutions, les avancées scientifiques se sont faites dans l’urgence. Le côté sombre de la recherche sur la COVID-19 existe et il a été abordé dans diverses publications.

Augmentation de la production scientifique pendant la pandémie

Pendant la pandémie, toutes les disciplines scientifiques (biomédecine, économie, sciences sociales, mathématiques, etc.) ont connu une augmentation du nombre des publications. La production de recherche liée à la COVID-19 a été importante, comme en témoignent les plus de 350 000 articles (estimés à la fin de 2021) et les 65 000 preprints qui ont été publiés [1].

Les preprints ont été publiés sur des plateformes, et près de deux tiers d’entre eux ont été publiés sur medRxiv, ResearchSquare, SSRN, RePEc et bioRxiv (Fig. 1 ). Grâce à la COVID-19, le domaine des sciences de la santé (medRxiv) a découvert les preprints trente ans après le lancement d’arXiv pour les domaines de la physique et des mathématiques, et sept ans après le lancement de bioRxiv, pour la biologie. Les preprints sont des manuscrits partagés publiquement par le biais de plateformes en ligne avant d’être soumis à un examen par les pairs. Les experts des domaines des médias et du journalisme n’ont pas toujours tenu compte des avertissements tels que celui de medRxiv (https://www.medrxiv.org/): ‘Les preprints sont des rapports préliminaires de travaux qui n’ont pas été certifiés par un examen par les pairs. Ils ne doivent pas être utilisés pour guider la pratique clinique ou les comportements liés à la santé et ne doivent pas être rapportés dans les médias comme des informations établies. L’essor des preprints a changé la science à jamais [2].

Fig. 1

Cumul des preprints COVID-19 du début de la pandémie (février 2020) à mai 2022. Remerciements à N Fraser and B Kramer [1] (figure sous licence CC0 1.0).

Il y a eu un pic notable dans les publications en anglais par des auteurs chinois ; des revues prestigieuses se sont adaptées au public chinois. Par exemple, des revues telles que JAMA, NEJM et Lancet ont publié des résumés et des articles rédigés en chinois. En outre, le Wellcome Trust a milité pour rendre les articles de recherche liés à la COVID-19 librement disponibles et accessibles dans des dépôts publics. Le processus d’examen par les pairs a été accéléré. La recherche d’articles “chauds”, qui seront cités rapidement après leur publication, s’est intensifiée.

L’Association européenne des rédacteurs scientifiques (EASE pour European Association of Science Editors) a observé une baisse des normes de publication : ‘Nous reconnaissons qu’en temps de crise, il n’est pas toujours possible d’obtenir toutes les données requises, et que les rapports peuvent - par nécessité - être limités. Pour éviter toute interprétation erronée, mais aussi pour faciliter le partage rapide des informations, nous encourageons les rédacteurs en chef à veiller à ce que les auteurs incluent une déclaration sur les limites de leurs recherches. Cela permettra d’informer les lecteurs et de renforcer l’utilité de toute recherche publiée.’ [3]. Trop de petits essais cliniques ont eu du mal à recruter des patients, tandis que la plupart n’ont pas été soumis à des revues ou sont restés à l’état de preprints. Avec B. Plaud et E. Caumes, nous avons détaillé les dysfonctionnements et les lacunes des publications, avec des exemples liés au contexte éditorial français [4].

Dans le domaine biomédical, 10 revues prestigieuses (NEJM, Lancet, JAMA, Nature Medicine, BMJ, Annals of Internal Medicine, Lancet Global Health, Lancet Public Health, Lancet Infectious Disease, et Clinical Infectious Disease) ont été analysées entre le 1er janvier 2019 et le 1er janvier 2021. Certaines revues ont augmenté leur production, tandis que d’autres ont eu une production stable en raison d’une baisse des articles non liés à la COVID-19 [5]. Une baisse de 18 % des articles publiés non liés à la COVID-19 a été estimée. Une baisse du nombre d’articles originaux au profit des lettres à la rédaction et des cas cliniques a également été observée. Il y avait 47,9 % d’articles originaux dans les publications liées à la COVID-19 versus 71,3 % d’articles originaux dans des publications non liées à la COVID-19 (p  < 0,001). Par ailleurs, une augmentation du nombre d’auteurs par article a été constatée. Pour les cas cliniques, la médiane était de 9,0 auteurs pour les publications liées à la COVID-19 contre 4,0 pour les publications non liées à la COVID-19 [5].

Découvrir le fonctionnement des revues scientifiques

Le fonctionnement des revues scientifiques est mieux connu depuis la pandémie. En 2022, les citoyens avertis, les journalistes et la communauté scientifique sont conscients des dysfonctionnements des revues car ils ont été mieux décrits et médiatisés. Les auteurs, les rédacteurs et les éditeurs de revues prestigieuses connaissent la politique de rétractation des articles scientifiques. Avant la pandémie, le public et les médias ignoraient largement la politique de rétractation des articles par les revues. Selon RetractionWatch, jusqu’au 24 avril 2022, 221 articles sur la COVID-19 ont été rétractés des revues [6]. De toute évidence, de nombreux chercheurs adoptent des pratiques de recherche douteuses, et le nombre réel d’articles rétractés liés à la COVID-19 sera beaucoup plus élevé. Une enquête a révélé que, parmi 6 813 chercheurs universitaires aux Pays-Bas, la prévalence de la fabrication et de la falsification était de 4,3 % et 4,2 %, respectivement, et que 51,3 % des personnes interrogées se livraient fréquemment à au moins une pratique de recherche douteuse. [7]. Un rédacteur en chef de revue rétracte un article lorsqu’il existe des preuves de fraude ou d’erreurs honnêtes.

Vous trouverez ci-dessous deux exemples de rétractation vertueuse (The Lancet et NEJM) et un cas de mauvaise conduite de la part d’une revue (International Journal of Antimicrobial Agents [IJAA]).

Un article du Lancet a rapporté l’inefficacité de l’hydroxychloroquine (HCQ) sur la base de 96 000 dossiers administratifs [8]. Il a été rétracté en 13 jours suite à la pression des lobbies de l’HCQ. Les arguments étaient recevables, bien que l’examen par les pairs ait été correctement effectué dans l’urgence (contacts personnels). La raison de la rétractation n’était pas la fraude mais l’impossibilité d’accéder aux données sources. Un article du NEJM évaluant les médicaments cardiovasculaires utilisés pour la COVID-19, avec des données extraites de la même base de données que l’article du Lancet, a été rétracté le même jour pour la même raison (impossibilité d’accéder aux données sources) [9]. L’enquête n’a pas pu être menée sur le site de l’entreprise qui a colligé les données sources ; nous ne saurons jamais si ces articles étaient valides ou frauduleux. La plupart des articles ne partagent pas les données sources [10]. Si nous rétractons les articles pour lesquels les données sources ne sont pas disponibles, nous devrions rétracter plus de 50 % des articles originaux.

Le premier article sur un traitement de la COVID-19 publié par l’IHU (Institut Hospitalo-Universitaire) de Marseille, en France, a été cité plus de 5 500 fois (selon Scholar Google), sans qu’aucune donnée clinique ne vienne étayer l’efficacité du traitement. Plus tard, dans la même revue, un épidémiologiste néerlandais a estimé que : ‘Comme indiqué ci-dessous, cette étude souffre d’importantes lacunes méthodologiques qui la rendent presque, voire totalement, non informative. Par conséquent, le ton du rapport, qui présente cette étude comme la preuve d’un effet de l’hydroxychloroquine et recommande même son utilisation, est non seulement infondé, mais, étant donné la demande désespérée d’un traitement pour la Covid-19, associée aux effets secondaires potentiellement graves de l’hydroxychloroquine, totalement irresponsable“ [11]. Le rédacteur en chef de l’IJAA, co-auteur de l’article et employé de l’IHU de Marseille, France, n’a pas rétracté cet article.

Une recherche a mis en évidence la manipulation des revues, sur la base de la conduite de l’IHU de Marseille, les qualifiant de “revues d“autopromotion’ [12]. Trois critères permettent de qualifier ces revues d’autopromotion : 1) lorsqu’un groupe d’auteurs bien connus contribue régulièrement à une grande partie des articles d’une revue et cite très souvent les articles des autres collègues ; 2) ces auteurs entretiennent de bonnes relations avec les rédacteurs des revues, qui sont souvent les auteurs ou même les relecteurs de leurs articles ; 3) la publication de recherches de mauvaise qualité. Des revues, telles que IJAA et New Microbes New Infections, visent à servir un groupe de chercheurs et publient rapidement des articles de manière complaisante. Le plus souvent, il s’agit d’articles qui sont rejetés par des revues légitimes.

Cette pratique, soupçonnée depuis longtemps, est maintenant décrite en détail.

Les scientifiques et les médias ont introduit aussi le concept d’auteurs aux mains sales pour désigner le comportement paternaliste et autoritaire des chercheurs qui imposent leur nom sur toutes les publications de leurs collaborateurs [13]. Ils existent dans toutes les disciplines.

Ignorance des principes de la conduite responsable de la recherche

Les principes de la déclaration de Singapour sur l’intégrité de la recherche ont été publiés en 2010 [14]. L’ignorance des principes de la conduite responsable de la recherche est courante. Je cite 3 des 14 responsabilités :

les chercheurs doivent utiliser des méthodes appropriées, baser leurs conclusions sur une analyse critique de leurs résultats et les communiquer objectivement et manière complète ;

les chercheurs doivent conserver les données brutes de manière transparente et précise de façon à permettre la vérification et la réplication de leurs travaux ;

les chercheurs doivent limiter leurs commentaires à leur domaine de compétence lorsqu’ils sont impliqués dans des débats publics sur les applications ou l’importance d’un travail de recherche et distinguer clairement ce qui relève de leur expérience professionnelle et ce qui relève de leurs opinions personnelles.

Les principes de la science ouverte ont longtemps été ignorés parce que le partage des données reste rare. Cette situation ne devrait pas changer rapidement. Une étude a montré que, sur les 924 essais COVID-19 réalisés, seuls 17,3 % des chercheurs avaient l’intention de partager leurs données individuelles sur les patients [15]. La recherche a mis en évidence une mauvaise communication, de nombreuses fautes et des interprétations liées au système « publier ou périr » [16], [17]. À maintes reprises, des enquêtes ont indiqué le rôle clé des publications dans la mise en évidence de l’absence de conduite responsable de la recherche. Même si les chercheurs disposent de suffisamment de temps pour effectuer leurs travaux de recherche, l’inconduite liée à la recherche COVID-19 persistera.

Désinformation : absence d’une culture de l’esprit critique

De nombreux experts ont pris la parole en dehors de leur domaine d’expertise en faisant appel directement au public par le biais de messages non validés, et en s’appuyant parfois sur des preprints ou des articles publiés dans des revues prédatrices. Les choses auraient été différentes si les citoyens informés, les journalistes et les chercheurs avaient un esprit critique et savaient faire la différence entre les faits et les opinions. Dès leur plus jeune âge, les enfants devraient être informés que la lecture en ligne s’apparente à la lecture de graffitis sur un mur. Par exemple, 1) l’IHU de Marseille n’aurait eu qu’une petite part de voix dans les médias, car les doutes concernant la production du directeur avaient été décrits et reconnus depuis 2006 [18] ; 2) les hypothèses sur la possible efficacité de l’HCQ n’auraient pas été écoutées, si les biologistes avaient simplement expliqué pourquoi ces hypothèses étaient fausses ; et 3) les publications honteuses n’auraient pas été prises en compte par les médias si des revues prédatrices n’avaient pas publié des articles qui supposaient l’efficacité de l’HCQ (articles parfois refusés par des revues légitimes).

Gardons à l’esprit que nous vivons une période au cours de laquelle le meilleur et le pire ont été observés. L’arrivée des preprints dans le domaine de la médecine et le partage des données vont modifier pour longtemps nos comportements de recherche. Les publications trompeuses ou frauduleuses marqueront durablement le public au risque d’accroître la méfiance envers la science.

Déclaration de liens d’intérêts

Rédacteur du blog ‘Revues et Intégrité’.

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